3
0
0
Sistema cobas s 201 0
Manual de usuario para la utilización de
pooles pequeños (pooles de 1 y 6) 0
P/N: 05214360036-02
0.2 06/2009, versión 2.0
Este manual está concebido para su uso con la configuración C o la configuración C MR1
del sistema cobas s 201.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.3
Tabla de contenidos
Prefacio
Tabla de contenidos ......................................................................0.3
Historial de revisiones ................................................................... 0.4
Cómo utilizar este manual ............................................................ 0.6
Recursos gráficos utilizados en este manual ................................ 0.7
Glosario ........................................................................................ 0.13
Precauciones ................................................................................ 0.20
1. Algoritmos de pooling
Información general ...................................................................... 1.1
Primary Pools de 1 ........................................................................1.2
Primary Pools de 6 ........................................................................1.3
Simultaneous Pools de 6 ............................................................... 1.3
Repeat Pools de 6 ........................................................................... 1.4
Resolution Pooling ........................................................................ 1.5
2. Pipeteado
Concepto de batch .........................................................................2.1
Controles externos fabricados por Roche (RMEC) ..................... 2.2
Controles externos definidos por el usuario (UDEC) .................2.3
Seroteca ..........................................................................................2.3
Primary Pools de 1 ........................................................................2.4
Primary Pools de 6 ........................................................................2.6
Simultaneous Pools de 6 ............................................................... 2.8
Repeat Pools de 6 ......................................................................... 2.10
Resolution Pooling ...................................................................... 2.11
3. Flujo de trabajo
Primary Pooling ............................................................................. 3.2
Preparación de las muestras, amplificación y detección ...........3.15
Revisión y validación de las muestras de donantes ................... 3.30
Secondary Pooling .......................................................................3.33
Procesamiento de final del día .................................................... 3.36
4. Índice
0.4 06/2009, versión 2.0
Historial de revisiones
Revisión del manual Fecha de revisión
1.0 Febrero de 2008
2.0 Junio de 2009
Roche Molecular Systems, Inc.
Branchburg, NJ
EE.UU.
Distributed by
Roche Diagnostics
Indianapolis, IN 46256 USA
(For Technical Assistance call the
Roche Response Center
toll-free 1-800 526 1247)
Roche Diagnostics
H7V 4A2 Laval, Quebec
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877 273 3433)
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
CH-6343 Rotkreuz
Roche Diagnostics
F-38240 Meylan
Roche Diagnostics GmbH
D-68298 Mannheim, Germany
Distributore in Italia:
Roche Diagnostics SpA
Piazza Durante 11
I-20131 Milano
Roche Diagnostics S.L.
E-08006 Barcelona
Distribuidor em Portugal:
Roche Farmacêutica Química, Lda
P-2700 Amadora
Declaración de conformidad
El equipo sistema cobas s 201 está formado por los siguientes componentes individuales, los
cuales cumplen los requisitos de la Directiva 98/79/CE de 27 de octubre de 1998 del
Parlamento y el Consejo Europeo referente a los dispositivos médicos de diagnóstico in vitro.
El cumplimiento de tal directiva se acredita mediante las siguientes declaraciones de
conformidad individuales:
l
Pooling and Data Management
(PDM)
Roche Molecular Systems, Inc.
Branchburg, NJ
EE.UU.
l
Pipeteador Hamilton Microlab
STAR IVD/STARlet IVD
Hamilton Company
Bonaduz
Suiza
l
Equipo COBAS® AmpliPrep Roche Diagnostics Ltd.
CH-6343 Rotkreuz
Suiza
l
Analizador COBAS® TaqMan® Roche Diagnostics Ltd.
CH-6343 Rotkreuz
Suiza
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.5
Envíe sus dudas o comentarios acerca del contenido de este manual a la
dirección que figura a continuación o a su representante local de Roche.
Roche Molecular Systems, Inc.
4300 Hacienda Drive
Pleasanton, California 94588-2722
ROCHE, AMPERASE, AMPLILINK, COBAS, AMPLIPREP y TAQMAN
son marcas comerciales de Roche.
ROCHE RESPONSE CENTER es una marca de servicio de Roche.
Microlab es una marca registrada de Hamilton Company.
Microsoft, Windows y Windows XP son marcas comerciales o marcas
registradas de Microsoft Corporation en Estados Unidos y en otros países.
Oracle es una marca registrada de Oracle Corporation.
Programa AMPLILINK:
La versión del código fuente del código ejecutable (el “programa”) está
disponible de acuerdo con los términos de la licencia pública de Interbase,
Interbase Public License Versión 1.0. El usuario puede obtener una copia
de la licencia desde:
http://interbase.com/IPL.html.
El Programa se suministra exclusivamente de conformidad con los
términos de la licencia pública de Interbase versión 1.0.
Copyright © 2009, Roche Molecular Systems, Inc. Reservados todos los
derechos.
0.6 06/2009, versión 2.0
Cómo utilizar este manual
Antes de poner en funcionamiento el sistema cobas s 201, es preciso haber
leído y comprendido las advertencias, precauciones y requisitos de
seguridad descritos en el manual.
Consulte el apartado Símbolos que encontrará en la página 0.8 para
obtener más información sobre los símbolos de advertencia y precaución
que figuran en el presente manual.
Prefacio (Prefacio) Se resumen las precauciones de seguridad que
deben adoptarse para la instalación, el funcionamiento y
el mantenimiento del sistema.
Apartado 1 (Algoritmos de pooling) Se describen las modalidades
Primary Pooling y Secondary Pooling y los algoritmos de
las pruebas.
Apartado 2 (Pipeteo) Se explica el concepto de batch y las operaciones
propias del pipeteo.
Apartado 3 (Flujo de trabajo) Se describen los procedimientos del flujo
de trabajo de rutina.
Índice
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.7
Recursos gráficos utilizados en este manual
Recursos tipográficos Con el objetivo de que el usuario pueda encontrar la información
requerida de forma fácil y lógica, a lo largo del presente manual se han
empleado diversos recursos tipográficos. Los recursos tipográficos
utilizados son los siguientes:
Recurso tipográfico Significado
Listas numeradas Procedimientos descritos mediante listas
numeradas que se deben llevar a cabo en el
orden indicado durante el funcionamiento:
1. Abra la pestaña Donor Review.
2. Seleccione el filtro de estado
deseado.
Letra en negrita Énfasis en un término o componente que se
está describiendo:
La seroteca se utiliza para almacenar
muestras para un posterior análisis.
Cursiva Referencia a otro capítulo del manual que
debe consultarse o al nombre de una
pantalla.
Consulte el apartado Símbolos de la
página 0.8 para obtener una descripción de
los símbolos de advertencia.
> Separa cada una de las opciones de los
comandos en los comandos de varios niveles:
Seleccione File > Shut Down de la barra de
menús.
0.8 06/2009, versión 2.0
Símbolos
En el manual se utilizan diversos símbolos para facilitar una referencia
visual rápida. Los símbolos empleados son:
Símbolo Significado
Nota informativa. Proporciona información
adicional sobre el tema o procedimiento que
se esté describiendo.
Nota importante. Significa que se trata de
una nota importante que es preciso leer y
comprender.
Advertencia. Indica una situación de peligro
potencial que, si no se evita, puede causar la
muerte o heridas graves.
Precaución. Indica una situación de peligro
potencial que, si no se evita, puede causar
lesiones al usuario o averías en el sistema.
Advertencia sobre piezas en movimiento.
Indica una posible situación de peligro.
Mantenga las manos alejadas de las piezas en
movimiento.
Advertencia sobre superficie a temperatura
elevada. Indica la presencia de una superficie
a una temperatura elevada. Mantenga las
manos alejadas de estas superficies.
Advertencia sobre el transmisor láser. Indica
la presencia de un transmisor láser. No mire
directamente al transmisor láser.
Advertencia sobre material potencialmente
biopeligroso. Indica una situación de peligro
potencial debido a un material biopeligroso
que puede causar la muerte o heridas graves.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.9
Los equipos eléctricos y electrónicos que
presenten este símbolo están contemplados
en la directiva europea WEEE. Este símbolo
denota que el equipo no se debe eliminar en
el sistema de residuos local.
(WEEE) Directiva 2002/96/CE de 27 de
enero de 2003 del Parlamento y el Consejo
Europeo sobre la eliminación de
equipamientos eléctricos y electrónicos
Símbolo Significado
0.10 06/2009, versión 2.0
En la placa de características del sistema aparecen los siguientes símbolos:
En el pipeteador Hamilton Microlab STAR IVD/STARlet IVD aparecen los
siguientes símbolos:
Precaución: consulte la documentación
suministrada. El símbolo en forma de
triángulo ubicado en la parte posterior de un
equipo es un recordatorio general para que
los usuarios lean la información de seguridad
incluida en el manual. Los usuarios deben ser
capaces de identificar peligros específicos y de
adoptar las medidas adecuadas para evitarlos.
Fabricante del dispositivo.
Advertencia sobre el transmisor láser.
Situado en el lector de código de barras para
mostrar la presencia de un transmisor láser.
No mire directamente al transmisor láser.
Precaución. Situado en las palas para indicar
la posibilidad de situaciones potencialmente
peligrosas. Mantenga las palas extendidas
para evitar sacudidas en la plataforma de
carga.
Precaución. Situado en la parte derecha de la
protección y en el brazo del pipeteador para
indicar la posibilidad de situaciones
potencialmente peligrosas. Mantenga las
manos alejadas de las piezas en movimiento.
Advertencia sobre material potencialmente
biopeligroso. Situado en la parte izquierda de
la protección y en la parte derecha del
pipeteador para indicar que las muestras de
donantes y la bolsa de residuos pueden
contener material biopeligroso.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.11
En el equipo COBAS® AmpliPrep aparecen los siguientes símbolos:
Advertencia sobre el transmisor láser.
Situado en el cabezal de transferencia 1 para
mostrar la presencia de un transmisor láser.
No mire directamente al transmisor láser.
CEI 825-1: 1993
Class 1 Laser Product
Appareil à laser de classe 1
1550 nm < 10 mW
Precaución. Símbolo situado detrás del panel
de carga para indicar el tipo de láser
utilizado. No mire directamente al
transmisor láser.
Warning - Fire Hazard
For continued protection
replace only with same
type and rating of fuse.
Advertencia. Símbolo situado debajo del
suministro de energía. Los fusibles sólo
deben sustituirse por otros del mismo tipo y
clasificación.
Advertencia sobre material potencialmente
biopeligroso. Situado detrás del panel de
carga, en la parte izquierda del equipo, para
indicar la posibilidad de que los tubos K, los
tubos de muestras y las SPU contengan
material biopeligroso.
0.12 06/2009, versión 2.0
En el analizador COBAS® TaqMan® aparecen los siguientes símbolos:
Advertencia sobre el transmisor láser.
Situado en el lector de código de barras
para mostrar la presencia de un
transmisor láser. No mire directamente al
transmisor láser.
Advertencia sobre piezas en movimiento.
Situado en cada uno de los segmentos
termocicladores para indicar la
posibilidad de situaciones potencialmente
peligrosas. Mantenga las manos alejadas
de las piezas en movimiento.
Advertencia sobre superficie a
temperatura elevada. Situada en cada uno
de los segmentos termocicladores para
indicar la presencia de superficies a
temperaturas elevadas. Mantenga las
manos alejadas de estas superficies.
Advertencia sobre riesgos biológicos.
Situado detrás del panel de carga y en el
panel de mantenimiento para indicar que
los tubos K pueden contener material
biopeligroso.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.13
Glosario
La terminología utilizada para el sistema cobas s 201 es, por lo general, la
misma que se emplea en los laboratorios clínicos. No obstante, se emplean
algunos términos específicos para describir ciertas acciones o
componentes. A continuación se incluye un resumen de dichos términos y
sus respectivas definiciones.
Adaptador de bandejas Bandeja reutilizable usada para cargar y
descargar hasta cinco bandejas en el
pipeteador
Hamilton Microlab
STAR IVD/
STARlet IVD.
Adaptador de bandejas
de tubos S
Bandeja reutilizable que se usa para cargar y
descargar las bandejas SK24 desde el
pipeteador Hamilton Microlab STAR IVD/
STARlet IVD.
Adaptador de las bandejas
de puntas
Bandeja reutilizable usada para cargar y
descargar hasta cinco bandejas de puntas en el
pipeteador Hamilton Microlab STAR IVD/
STARlet IVD.
ADN El ácido desoxirribonucleico (ADN) es el
material genético que se transfiere de las
células padre a las células hija y que propaga
las características de la especie en forma de los
genes que contiene y las proteínas que
codifica. El ADN está formado por cuatro
tipos de nucleótidos: dATP, dCTP, dTTP y
dGTP.
Alineamiento Proceso bioquímico que hibridiza o une dos
segmentos de ácidos nucleicos complementarios
disminuyendo la temperatura.
AmpErase La enzima AmpErase (uracil-N-glicosilasa) se
incorpora a la mezcla maestra para iniciar el
proceso de destrucción selectiva de los
productos de arrastre (que contienen
desoxiuridina) generados en las reacciones de
amplificaciones anteriores.
0.14 06/2009, versión 2.0
Amplificación Proceso de producción de numerosas copias
de ADN a partir de una plantilla de ADN o
ARN original diana. La amplificación se lleva
a cabo en el analizador COBAS® TaqMan®,
donde se calientan las muestras extraídas que
luego se enfrían en los termocicladores según
el perfil de reacción en cadena de la
polimerasa de la prueba seleccionada.
Archivo de definiciones
de pruebas
Archivo que contiene todos los pasos de
procesamiento necesarios para la
preparación, la amplificación y la detección.
Los archivos de definiciones de pruebas se
encuentran en el CD-ROM que suministra
Roche y están instalados en el programa
AMPLILINK.
Bandeja de puntas Las puntas de pipeta libres de ARNasa se
utilizan para pipetear las muestras y controles
en el pipeteador Hamilton Microlab STAR
IVD/STARlet IVD. Éstas se empaquetan en
bandejas de puntas desechables. Cada
bandeja contiene 96 puntas de pipeta.
Bandeja de puntas K Bandeja desechable empaquetada con 36
puntas K.
Bandeja de SPU Bandeja reutilizable que sirve para cargar las
24 SPU en el equipo COBAS® AmpliPrep.
Una vez terminada la preparación de la
muestra, la bandeja de SPU pasa a contener
los tubos de muestras de entrada y las SPU
utilizadas. Las SPU albergan las puntas K
utilizadas y todos los residuos potencialmente
biopeligrosos en una cámara sellada por la
punta de muestras empleada.
Bandeja de tubos de
donantes
Bandeja reutilizable que se usa para cargar y
descargar los tubos de donantes en el
pipeteador Hamilton Microlab STAR IVD/
STARlet IVD.
Bandeja de tubos K Bandeja desechable empaquetada con 96
tubos K.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.15
Bandeja SK24 Bandeja reutilizable que contiene tubos S o K
en clips de códigos de barras. La bandeja
SK24 carga y descarga las muestras durante
los procesos de pipeteo, preparación de
muestras y amplificación/detección.
Control interno Secuencia de ácido nucleico integrada que se
extrae y amplifica junto con la muestra para
supervisar la recuperación de la muestra y las
inhibiciones de amplificación/detección.
Cubeta de reacción Dispositivo desechable que contiene la mezcla
de muestras y reactivos durante la
preparación de muestras. La SPU consta de
dos cámaras de procesamiento, la cámara de
residuos y la cámara de la punta de muestras.
Se utiliza una SPU para el procesamiento de
cada muestra.
Desnaturalización Proceso bioquímico de separación de un
segmento bicatenario de ADN en cadenas
independientes mediante la ruptura de los
enlaces de hidrógeno mediante un aumento
de la temperatura.
Detección Obtención de mediciones para determinar si
una muestra es reactiva para el analito
buscado. Las mediciones de fluorescencia se
efectúan a temperaturas y momentos
específicos del proceso de amplificación. Una
vez que finaliza la serie analítica, el programa
AMPLILINK analiza los datos para
determinar la presencia de los productos
amplificados en la diana y las secuencias de
control interno de ácidos nucleicos.
Espécimen Muestra que procede de un donante.
Extensión Hace referencia al proceso biológico de
elongación de la cadena de ADN que se
sintetiza mediante la ADN polimerasa que
utiliza una cadena de ADN parental como
plantilla para la síntesis de la cadena hija.
0.16 06/2009, versión 2.0
Extracción Proceso de aislamiento de ADN o ARN para
su análisis molecular posterior. La extracción
de las muestras agrupadas en pooles se realiza
en el equipo COBAS® AmpliPrep.
K-carrier Soporte metálico reutilizable que alberga
hasta 24 tubos K con muestras preparadas
para el análisis mediante PCR en el analizador
COBAS® TaqMan®.
MGP Consulte Partículas magnéticas de cristal.
MPX Grupo múltiple de dianas que incluye los
virus HCV, HIV-1 grupo M, HIV-1 grupo O,
HIV-2 y HBV.
Muestra De forma genérica, se refiere a una muestra
de donante, reactivos de control o muestra de
entrada (cualquier muestra de donante en
pool o individual en un tubo S).
Partículas magnéticas
de cristal
Pequeñas partículas magnéticas, suspendidas
en líquido, que se utilizan en combinación
con otros reactivos para unir ácidos nucleicos
mediante las cargas positivas de la superficie,
lo que posteriormente permite separar los
ácidos nucleicos de otros componentes de la
muestra mediante un imán durante el
proceso de lavado.
PCR Reacción en cadena de la polimerasa. Proceso
bioquímico in vitro utilizado para amplificar
secuencias cortas específicas de ácido
nucleico diana. La tecnología de PCR se lleva
a cabo mediante la termociclación de la
mezcla de amplificación según un programa
determinado. El programa suele constar de 1)
desnaturalización, 2) alineamiento y 3)
extensión.
PDM Programa Pooling and Data Management.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.17
Primary Pool Pool preparado con alícuotas iguales
procedentes de un determinado número de
tubos de donantes en un tubo de muestra.
Después de que el sistema haya aspirado
correctamente la muestra, ésta deja de estar
disponible para la modalidad Primary
Pooling.
Punta K Punta cinética. Punta desechable utilizada
para la resuspensión y transferencia de una
muestra preparada a un tubo K.
Repeat Pool Pool preparado con alícuotas iguales
procedentes de tubos de donantes o de una
seroteca para volver a analizar muestras de un
Primary Pool cuando los resultados de las
pruebas no son válidos.
Resolution Pooling Pool de una muestra individual preparado
con muestras de tubos de donantes o de una
seroteca para volver a analizar las muestras
cuyos resultados tras las pruebas son reactivos
o no válidos.
RF Radiofrecuencia.
RMEC Control externo fabricado por Roche. Los
RMEC son obligatorios para cada batch.
Secondary Pooling Pooling de seguimiento creado para resolver
resultados no válidos o reactivos obtenidos
con las pruebas iniciales.
Seroteca Placa de 12 x 8 pocillos profundos que se
utiliza para almacenar las alícuotas de las
muestras de donantes en caso de que haya que
repetir la prueba.
0.18 06/2009, versión 2.0
SIL Sistema de gestión de información de
laboratorio. Sistema informático para la
introducción, gestión y generación de
informes sobre la información del
laboratorio. La información incluye, entre
otros, la información demográfica de los
donantes, los datos de las pruebas y el
inventario del material fungible.
Sistema Se utiliza de forma genérica para hacer
referencia a reactivos, hardware y software del
sistema cobas s 201.
SPU Véase Cubeta de reacción.
Termociclador Bloque de temperatura programable en el
analizador COBAS® TaqMan®. El
termociclador cambia rápidamente la
temperatura según perfil de amplificación
definido en los archivos de definiciones de
pruebas.
Tiempo de viabilidad El tiempo transcurrido entre el pipeteo inicial
y la asignación de los resultados finales.
Cuando no se acepta un resultado antes de
alcanzar el límite del tiempo de viabilidad, la
muestra recibe automáticamente el estado
Complete o Unresolved, excepto si el
resultado del análisis de la muestra es reactivo
en un pool individual (Primary Pool de 1 o
Resolution Pool). En tal caso, a la muestra se
le asigna automáticamente el estado
Complete, Reactive.
Tubo de donante Tubo de cristal o plástico que contiene una
muestra de donante.
Tubo K Tubo cinético. Tubo de muestra desechable
que se utiliza para amplificar la muestra
preparada con la mezcla maestra. Los tubos K
vienen empaquetados en una bandeja de
tubos K plastificada.
Prefacio
06/2009, versión 2.0 0.19
Unidades
En el presente manual se han utilizado las siguientes abreviaturas de
unidades de medida:
Tubo S Tubo de muestra desechable. Los tubos vacíos
y sin tapar se colocan en los clips de código de
barras dentro de una bandeja SK24 y se
cargan en el pipeteador Hamilton Microlab
STAR IVD/STARlet IVD. Cuando finaliza el
pipeteo, los tubos S contienen las muestras en
pool. Los tubos S se descargan desde el
pipeteador Hamilton Microlab STAR IVD/
STARlet IVD, se tapan y se cargan en el
equipo COBAS® AmpliPrep para la
extracción de las muestras. Los tubos S se
suministran en bolsas de 24 unidades.
UDEC Control externo definido por el usuario que
puede incluirse en un batch. Los resultados de
las pruebas UDEC no se incluyen en el
análisis de batch.
UPS Suministro de energía ininterrumpido.
WNV Virus del Nilo occidental. El virus del Nilo
occidental pertenece al grupo vírico de la
encefalitis japonesa dentro de la familia
Flaviviridae.
kg Kilogramo
ml Mililitros (10
-3
litros)
V Voltios
0.20 06/2009, versión 2.0
Precauciones
Requisitos de seguridad
Las precauciones de seguridad necesarias para la instalación, el
funcionamiento y el mantenimiento de los equipos se resumen a
continuación. Lea detenidamente las indicaciones de seguridad que
figuran en estos apartados y asegúrese de comprenderlas. Conserve esta
información para nuevos empleados y como material de consulta en el
futuro.
Para garantizar la seguridad e integridad de los datos, se requiere la
utilización del sistema con suministro de energía ininterrumpida (UPS)
ya que cualquier pérdida de energía podría provocar daños o la pérdida
de datos.
Advertencias generales
Mantenga las manos alejadas de estas superficies.
No mire directamente al transmisor láser cuando los lectores de código
de barras estén en funcionamiento.
Mantenga las manos alejadas de estas partes móviles.
No quite nunca la clavija de la toma de tierra central del cable de
corriente ni la desactive utilizando adaptadores sin toma de tierra.
Recomendaciones para la eliminación
Todos los componentes eléctricos y electrónicos se deben eliminar
independientemente del sistema de residuos local. Una eliminación
adecuada de los dispositivos usados evita posibles consecuencias
negativas en el entorno y en la salud humana.
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