Roche cobas s 201 system Manuale utente

3

0

Sistema cobas s 201 0

Manuale operativo da utilizzarsi con piccoli

pool (pool di 1 e 6) 0

P/N: 05214360050-02

0.2 06/2009, versione 2.0

Questo manuale fa riferimento alla Configurazione C o alla Configurazione C MR1 del sistema

cobas s

201.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.3

Indice generale

Prefazione

Indice generale ...............................................................................0.3

Cronologia delle revisioni ............................................................. 0.4

Uso del manuale ............................................................................ 0.6

Convenzioni usate nel presente manuale .....................................0.7

Glossario ...................................................................................... 0.13

Precauzioni .................................................................................. 0.20

1. Algoritmi di pooling

Panoramica ....................................................................................1.1

Pool primari di 1 ........................................................................... 1.2

Pool primari di 6 ........................................................................... 1.3

Pool simultanei di 6 ....................................................................... 1.3

Pool ripetuti di 6 ............................................................................ 1.4

Pooling di risoluzione ................................................................... 1.5

2. Pipettamento

Concetto di "batch" ....................................................................... 2.1

Controlli RMEC (Roche-Manufactured External Controls) ...... 2.2

Controlli UDEC (User-Defined External Controls) ...................2.3

Piastra di archiviazione .................................................................2.3

Pool primari di 1 ........................................................................... 2.4

Pool primari di 6 ........................................................................... 2.6

Pool simultanei di 6 ....................................................................... 2.8

Pool ripetuti di 6 .......................................................................... 2.10

Pooling di risoluzione ................................................................. 2.11

3. Flusso di lavoro

Pooling primario ...........................................................................3.2

Estrazione, amplificazione e rivelazione dei campioni .............. 3.13

Revisione e rilascio dei campioni dei donatori .......................... 3.27

Pooling secondario ......................................................................3.30

Operazioni di fine giornata ......................................................... 3.34

4. Indice analitico

0.4 06/2009, versione 2.0

Cronologia delle revisioni

Versione del manuale Data di revisione

1.0 Febbraio 2008

2.0 Giugno 2009

Roche Molecular Systems, Inc.

Branchburg, NJ

USA

Distributed by

Roche Diagnostics

Indianapolis, IN 46256 USA

(For Technical Assistance call the

Roche Response Center

toll-free 1-800 526 1247)

Roche Diagnostics

H7V 4A2 Laval, Quebec

(For Technical Assistance call:

Pour toute assistance technique,

appeler le: 1-877 273 3433)

Roche Diagnostics (Schweiz) AG

CH-6343 Rotkreuz

Roche Diagnostics

F-38240 Meylan

Roche Diagnostics GmbH

D-68298 Mannheim, Germany

Distributore in Italia:

Roche Diagnostics SpA

Piazza Durante 11

I-20131 Milano

Roche Diagnostics S.L.

E-08006 Barcelona

Distribuidor em Portugal:

Roche Farmacêutica Química, Lda

P-2700 Amadora

Dichiarazione di conformità

Il sistema cobas s 201 è costituito dai seguenti componenti singoli, ciascuno dei quali

è conforme ai requisiti della Direttiva 98/79/CE del Parlamento Europeo e del Consiglio,

datata 27 ottobre 1998, sui dispositivi medico-diagnostici in vitro. Il rispetto dei requisiti

è assicurato dalla seguente Dichiarazione di conformità per i singoli componenti:

l

Pooling and Data Management

(PDM)

Roche Molecular Systems, Inc.

Branchburg, NJ

USA

l

Pipettatore Hamilton Microlab

STAR IVD / STARlet IVD

Hamilton Company

Bonaduz

Switzerland

l

Strumento COBAS® AmpliPrep Roche Diagnostics Ltd.

CH-6343 Rotkreuz

Switzerland

l

Analizzatore COBAS® TaqMan® Roche Diagnostics Ltd.

CH-6343 Rotkreuz

Switzerland

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.5

Si prega di inoltrare quesiti o commenti in merito al presente manuale

all'indirizzo riportato sotto o al rappresentante locale della Roche.

Roche Molecular Systems, Inc.

4300 Hacienda Drive

Pleasanton, California 94588-2722

ROCHE, AMPERASE, AMPLILINK, COBAS, AMPLIPREP e TAQMAN

sono marchi di fabbrica Roche.

ROCHE RESPONSE CENTER è un marchio di servizio della Roche.

Microlab è un marchio registrato della Hamilton Company.

Microsoft, Windows e Windows XP sono marchi registrati o marchi di

fabbrica della Microsoft Corporation negli Stati Uniti e/o in altre nazioni.

Oracle è un marchio registrato della Oracle Corporation.

Software AMPLILINK

La versione in Codice sorgente dell'eseguibile (il "Software") è disponibile

alle condizioni stabilite dall'Interbase Public License versione 1.0. L'utente

può ottenere una copia della licenza all'indirizzo

http://interbase.com/IPL.html.

Il Software è offerto solo alle condizioni stabilite dall'Interbase Public

License versione 1.0.

0.6 06/2009, versione 2.0

Uso del manuale

Prima della messa in funzione dello strumento cobas s 201, è

fondamentale leggere attentamente e assimilare le indicazioni di

Avvertenza, Attenzione e i Requisiti di sicurezza contenuti nel presente

manuale.

Per una descrizione dei simboli di avvertenza e attenzione che compaiono

in questo manuale, consultare la sezione Simboli a pagina 0.8.

Prefazione (Prefazione): riassume le precauzioni da adottare per

effettuare in tutta sicurezza le operazioni di installazione,

messa in funzione e manutenzione del sistema.

Capitolo 1 (Algoritmi di pooling): descrive i metodi di pooling

primario e secondario e gli algoritmi dei test.

Capitolo 2 (Pipettamento): spiega il concetto di "batch" e le operazioni

di pipettamento.

Capitolo 3 (Flusso di lavoro): illustra le procedure di un flusso di

lavoro di routine.

Indice analitico

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.7

Convenzioni usate nel presente manuale

Convenzioni di testo Per presentare le informazioni in modo rapido e coerente, in questo

manuale sono state adottate alcune convenzioni riguardanti il testo.

Convenzione di testo Significato

Elenchi numerati Singoli passaggi di una procedura da eseguire

nell'ordine corretto durante un'operazione.

1. Visualizzare la scheda Donor Review.

2. Selezionare il filtro desiderato per

lo stato.

Testo in grassetto Evidenzia il termine o il componente

descritto.

La piastra di archiviazione consente di

conservare i campioni da analizzare in un

altro momento.

Corsivo Indica un altro capitolo di questo o di un

altro manuale a cui fare riferimento oppure

evidenzia il nome di una schermata.

Per una descrizione dei simboli di avvertenza,

consultare la sezione

Simboli

a pagina 0.8

.

> Separa le opzioni in un comando a più livelli:

Selezionare File > Shut Down nella barra

dei menu.

0.8 06/2009, versione 2.0

Simboli

I simboli adottati nel presente manuale fungono da riferimento visivo

immediato e sono elencati di seguito:

Simbolo Significato

Nota. Segnala una nota contenente ulteriori

informazioni sull'argomento trattato o sulla

procedura descritta.

Importante. Segnala informazioni di rilievo,

da leggere con attenzione e assimilare.

Avvertenza. Indica una situazione potenzial-

mente pericolosa che, se non evitata,

potrebbe provocare gravi lesioni o la morte.

Attenzione. Indica una situazione potenzial-

mente pericolosa che, se non evitata,

potrebbe provocare lesioni alla persona e/o

danni al sistema.

Avvertenza parti amovibili. Indica una

situazione potenzialmente pericolosa. Non

avvicinare le mani alle parti in movimento.

Avvertenza superficie calda. Segnala la

presenza di una superficie calda. Non

avvicinare le mani alle superfici che scottano.

Avvertenza trasmettitore laser. Segnala la

presenza di un trasmettitore laser. Non

dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.

Avvertenza materiale biologico potenzial-

mente pericoloso. Indica una situazione

potenzialmente a rischio per la presenza di

materiale biologico pericoloso che potrebbe

provocare lesioni gravi e perfino la morte.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.9

Le apparecchiature elettriche ed elettroniche

contrassegnate con questo simbolo sono

regolamentate dalla Direttiva Europea sullo

smaltimento dei rifiuti elettrici ed elettronici

(Waste Electrical and Electronic Equipment

Directive, WEEE). Questo simbolo indica

che l'apparecchiatura non può essere

smaltita nel normale circuito di raccolta dei

rifiuti solidi urbani.

(

WEEE) Direttiva 2002/96/CE del Parlamento

Europeo e del Consiglio, datata 27 gennaio

2003, sullo smaltimento dei rifiuti elettrici

ed elettronici

Simbolo Significato

0.10 06/2009, versione 2.0

I seguenti simboli sono visibili sulla targa esterna del sistema.

I simboli descritti di seguito sono visibili sul pipettatore Hamilton

Microlab STAR IVD / STARlet IVD.

Attenzione. Fare riferimento alla documen-

tazione allegata. Il simbolo del triangolo sul

retro di uno strumento è un'esortazione

generale rivolta agli utenti affinché leggano le

informazioni relative alla sicurezza contenute

in questo manuale. È importante che gli

utenti sappiano riconoscere i diversi pericoli e

sappiano adottare le misure opportune.

Fabbricante del dispositivo.

Avvertenza trasmettitore laser. È situato sul

lettore di codice a barre per segnalare la

presenza di un trasmettitore laser. Non

dirigere lo sguardo verso il trasmettitore

laser.

Attenzione. È situato sulle palette protettive

per segnalare una situazione potenzialmente

pericolosa. Lasciare aperte le palette

protettive per evitare che si scontrino con la

piattaforma di caricamento.

Attenzione. È situato sul lato destro dello

sportello trasparente e sul braccio del

pipettatore per segnalare una situazione

potenzialmente pericolosa. Non avvicinare le

mani alle parti in movimento.

Avvertenza materiale biologico potenzial-

mente pericoloso. È situato sul lato sinistro

dello sportello anteriore e sul lato destro del

pipettatore per segnalare che i campioni dei

donatori e la sacca dei rifiuti potrebbero

contenere materiale biologico pericoloso.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.11

I simboli descritti di seguito sono visibili sullo strumento COBAS®

AmpliPrep.

Avvertenza trasmettitore laser. È situato sul

braccio robotizzato 1 per segnalare la presenza

di un trasmettitore laser. Non dirigere lo

sguardo verso il trasmettitore laser.

IEC 825-1: 1993

Class 1 Laser Product

Appareil à laser de classe 1

1550 nm < 10 mW

Attenzione. È situato dietro il pannello di

caricamento per segnalare il tipo di laser

usato. Non dirigere lo sguardo verso il

trasmettitore laser.

Warning - Fire Hazard

For continued protection

replace only with same

type and rating of fuse.

Avvertenza. È situato sotto l'alimentatore.

Sostituire il vecchio fusibile solo con un

fusibile nuovo dello stesso tipo e categoria.

Avvertenza materiale biologico potenzial-

mente pericoloso. È situato dietro il pannello

di caricamento, sul lato sinistro dello

strumento, per indicare che le provette K, le

provette campione e le unità SPU possono

contenere materiale biologico pericoloso.

0.12 06/2009, versione 2.0

I simboli descritti di seguito sono visibili sull'analizzatore COBAS®

TaqMa n®.

Avvertenza trasmettitore laser. È situato

sul lettore di codici a barre per segnalare la

presenza di un trasmettitore laser. Non

dirigere lo sguardo verso il trasmettitore

laser.

Avvertenza parti amovibili. È situato su

tutti i termociclatori per indicare una

situazione potenzialmente pericolosa.

Non avvicinare le mani alle parti in

movimento.

Avvertenza superficie calda. È situato su

tutti i termociclatori per segnalare la

presenza di una superficie calda. Non

avvicinare le mani alle superfici che

scottano.

Avvertenza pericolo biologico. È situato

dietro il pannello di caricamento e sul

pannello di servizio per indicare che le

provette K possono contenere materiale

biologico pericoloso.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.13

Glossario

La terminologia propria dello strumento cobas s 201 è in genere quella

tipica dei laboratori di analisi cliniche. Sono stati tuttavia adottati termini

specifici per indicare determinate operazioni e alcuni componenti. Di

seguito viene fornito un elenco dei termini che sono specifici dello

strumento e le definizioni corrispondenti.

AmpErase L'enzima AmpErase (uracil-N-glicosilasi) è

incorporato nella soluzione Master Mix in

quanto consente la distruzione selettiva dei

prodotti del carryover (contenenti

deossiuridina) dalle precedenti reazioni di

amplificazione.

Amplificazione Il processo di produzione di molte copie di

DNA a partire da una regione bersaglio di

DNA o RNA templato. L'amplificazione ha

luogo nell'analizzatore COBAS® TaqMan®,

dove i campioni estratti vengono riscaldati e

raffreddati nei termociclatori in base al

profilo della reazione polimerasica a catena

(PCR) previsto dal test selezionato.

Campione Termine generico riferito al campione

prelevato da un donatore, ai reagenti di

controllo o al campione di analisi (qualunque

campione in pool o un campione di un

singolo donatore che viene pipettato in una

provetta campione).

Campione del paziente Termine riferito al campione prelevato da un

donatore.

Controllo interno Una sequenza preimpostata di acidi nucleici

che viene estratta e amplificata contestual-

mente al campione, allo scopo di monitorare

il recupero di quest'ultimo e gli inibitori

dell'amplificazione/rivelazione.

Denaturazione Il processo biochimico di separazione del

DNA a doppio filamento in filamenti singoli,

che avviene spezzando i legami di idrogeno

grazie a un aumento della temperatura.

0.14 06/2009, versione 2.0

DNA L'acido desossiribonucleico (in sigla, DNA) è

il materiale genetico che viene trasmesso dalla

cellula genitrice alle cellule figlie, propagando

le caratteristiche della specie sotto forma dei

geni che esso contiene e delle proteine che

codifica. Il DNA è costituito da quattro tipi di

nucleotidi: dATP, dCTP, dTTP e dGTP.

Estensione Il processo biologico di allungamento di una

catena di DNA che viene sintetizzata dalla

DNA polimerasi usando il filamento di DNA

padre come modello per la sintesi del

filamento figlio.

Estrazione Il processo di isolamento del DNA o dell'RNA

per la successiva analisi molecolare. I campioni

in pool sono sottoposti ad estrazione nello

strumento COBAS® AmpliPrep.

File di definizione del test Un file che contiene tutti i passaggi necessari

per l'estrazione, l'amplificazione e la rivelazione

dei campioni. I file delle definizioni dei test

vengono forniti dalla Roche su un CD-ROM e

devono essere caricati nel software

AMPLILINK.

FR Frequenza radio.

K-carrier Un vassoio metallico riutilizzabile sul quale

possono essere collocate 24 provette K al

massimo. Le provette contengono i campioni

già pronti per la PCR, che saranno analizzati

nell'analizzatore COBAS® TaqMan®.

LIS Acronimo di Laboratory Information System

(sistema informatico del laboratorio). Un

sistema computerizzato per l'immissione, la

gestione e la refertazione dei dati del labora-

torio, costituiti, tra l'altro, dall'anagrafica dei

donatori, dai dati dei test e dall'inventario dei

materiali di consumo.

MGP vedere Particelle di vetro magnetizzate.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.15

MPX Un insieme di bersagli multiplex che può

comprendere HCV, HIV-1 gruppo M, HIV-1

gruppo O, HIV-2 e HBV.

Particelle di vetro

magnetizzate

Minuscole particelle magnetiche sospese in

un liquido che, se usate insieme ad altri

reagenti e sottoposte a cariche positive sulla

superficie, formano legami con gli acidi

nucleici permettendo la separazione di questi

ultimi dagli altri componenti del campione,

grazie all'azione di un magnete durante

il lavaggio.

PCR Acronimo di Polymerase Chain Reaction

(reazione polimerasica a catena). Il processo

biochimico in vitro per l'amplificazione di

brevi e specifiche sequenze di acidi nucleici

bersaglio. La PCR richiede il ciclaggio della

temperatura della miscela di amplificazione

secondo un preciso profilo, che di solito

consiste in: 1) denaturazione, 2) riassocia

zione

ed 3) estensione.

PDM Acronimo di Pooling and Data Management

(gestione del pooling e dei dati).

Piastra di archiviazione Una piastra costituita da 12 x 8 pozzetti, dove

vengono conservate le aliquote dei campioni

dei donatori nel caso in cui l'analisi debba

essere ripetuta.

Pool di risoluzione Un pool costituito da un solo campione,

preparato o dalle provette donatori o da una

piastra di archiviazione, che permette di

analizzare nuovamente i campioni che hanno

generato risultati reattivi o non validi.

Pool primario Un pool preparato con aliquote identiche,

prelevate da un determinato numero di

provette donatori e unite in una provetta

campione. Dopo che viene aspirato dal

sistema, il campione non può più far parte di

un pool primario.

0.16 06/2009, versione 2.0

Pool ripetuto Un pool preparato con aliquote identiche di

campioni, prelevate o dalle provette donatori

o dalla piastra di archiviazione, che permette

di analizzare nuovamente un pool primario

che ha generato risultati non validi.

Pooling secondario Un pool di follow-up creato per risolvere

risultati reattivi o non validi generati da un

test iniziale.

Provetta campione (S-tube) Provetta monouso per campioni. Le

provette campione vuote, prive del tappo,

vengono inserite nei clip con codice a barre in

un rack SK24 e quindi caricate sul pipettatore

Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.

Al termine del pipettamento, le provette

campione contengono i pool di campioni. Le

provette campione vengono quindi rimosse

dal pipettatore Hamilton Microlab STAR IVD

/ STARlet IVD, richiuse con il tappo e caricate

sullo strumento COBAS® AmpliPrep per

l'estrazione dei campioni. Le provette

campione sono fornite in sacchetti da 24.

Provetta donatore Una provetta di vetro o plastica contenente il

campione di un donatore.

Provetta K Provetta cinetica. Una normale provetta

monouso usata per l'amplificazione del

campione preparato con la soluzione Master

Mix. Le provette K sono fornite preconfe-

zionate in un apposito rack dotato di coperchio.

Puntale K Puntale cinetico. Un puntale monouso che

serve per risospendere un campione

preparato e trasferirlo in una provetta K.

Rack per piastre Un rack riutilizzabile più volte sul quale è

possibile caricare cinque piastre al massimo

per il pipettatore

Hamilton Microlab

STAR

IVD / STARlet IVD.

Rack per provette donatori Un rack riutilizzabile più volte, sul quale

vengono caricate le provette dei donatori per

il pipettatore Hamilton Microlab STAR IVD /

STARlet IVD.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.17

Rack per provette K

Un rack monouso preconfezionato che contiene

96 provette K.

Rack per puntali I puntali per pipette monouso privi di RNAsi

che vengono usati per pipettare i campioni e i

controlli nel dispositivo Hamilton Microlab

STAR IVD / STARlet IVD vengono forniti in

rack monouso preconfezionati. Ogni rack

contiene 96 puntali per pipette.

Rack per puntali K Un rack monouso preconfezionato che

contiene 36 puntali K.

Rack per SPU Un rack riutilizzabile più volte, sul quale

vengono caricate 24 unità SPU per lo

strumento COBAS® AmpliPrep.

Al termine dell'estrazione dei campioni, il

rack per SPU contiene le provette con i

campioni iniziali e le unità SPU usate. Le

unità SPU contengono i puntali K usati e

tutto il materiale biologico di scarto

potenzialmente pericoloso all'interno di una

camera che è sigillata dal puntale stesso.

Rack portaprovette Un rack riutilizzabile più volte sul quale

vengono caricati i rack SK24 del pipettatore

Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.

Rack portapuntali Un rack riutilizzabile più volte sul quale

vengono caricati e scaricati massimo cinque

rack per puntali destinati al pipettatore

Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.

Rack SK24 Rack riutilizzabile che contiene le provette

campione o le provette K nei clip con il codice

a barre. Il rack SK24 carica e scarica i campioni

nelle fasi di pipettamento, estrazione

e amplificazione/rivelazione.

Riassociazione

Il processo biochimico di ibridazione o appaia-

mento di due segmenti di acidi nucleici

complementari, che avviene grazie a un

abbassamento della temperatura.

0.18 06/2009, versione 2.0

Rivelazione Una raccolta di misurazioni per determinare

la reattività di un campione all'analita

bersaglio. Le misurazioni della fluorescenza

sono eseguite secondo temperature e tempi

prestabiliti durante l'amplificazione. Al

termine della seduta, il software AMPLILINK

analizza i dati raccolti per confermare o meno

la presenza di prodotti amplificati dalle

sequenze degli acidi nucleici bersaglio e dei

controlli interni.

RMEC Acronimo di Roche-Manufactured External

Control (controllo esterno prodotto da Roche).

I controlli RMEC devono essere inclusi in

ogni batch.

Sistema Termine generico riferito all'insieme dei

componenti hardware e software e ai reagenti

usati per lo strumento cobas s 201.

SPU vedere Unità SPU.

Tempo di vitalità Il lasso di tempo che intercorre tra il

pipettamento iniziale e l'assegnazione dei

risultati finali.

Se un risultato non viene accettato entro il

tempo di vitalità limite, al campione viene

assegnato automaticamente lo stato "Complete,

Unresolved" a meno che lo stesso campione

non abbia prodotto un risultato reattivo in un

pool singolo (Pool primario di 1 o Pool di

risoluzione). In tal caso, al campione verrà

assegnato automaticamente lo stato

"Complete, Reactive".

Termociclatore Un modulo a temperatura programmabile

presente nell'analizzatore COBAS® TaqMan®.

Il termociclatore può cambiare rapidamente la

temperatura in base al profilo di amplificazione

definito nel file di definizione del test.

UDEC Acronimo di User-Defined External Control

(controllo esterno definito dall'utente). I

controlli UDEC possono essere inclusi in un

batch. I risultati dei controlli UDEC non sono

inclusi nell'analisi del batch.

Prefazione

06/2009, versione 2.0 0.19

Unità di misura

Di seguito vengono elencate le abbreviazioni usate per le unità di misura.

Unità SPU Acronimo di Sample Processing Unit (unità

di estrazione del campione). Un dispositivo

monouso che contiene la miscela del

campione e del reagente durante l'estrazione

del campione. L'unità SPU è costituita da due

camere di incubazione, una camera di scarico

e una camera del puntale.

Serve una unità SPU per ogni campione da

estrarre.

UPS Acronimo di Uninterruptable Power Supply

(gruppo statico di continuità).

WNV Acronimo di West Nile Virus (virus del Nilo

occidentale). Il virus WNV appartiene al

gruppo virale dell'encefalite giapponese, alla

famiglia dei Flaviviridae.

Kg Chilogrammo

ml Millilitri (10

-3

litri)

VVolt

0.20 06/2009, versione 2.0

Precauzioni

Requisiti di sicurezza

Nella sezione del manuale che segue vengono descritte brevemente le

precauzioni di sicurezza da osservare durante l'installazione, la messa in

funzione e la manutenzione degli strumenti. È importante leggere attenta-

mente e assimilare le indicazioni sulla sicurezza contenute in queste

sezioni, nonché condividerle con i nuovi dipendenti e conservarle in un

luogo sicuro per riferimento futuro.

Per tutelare la sicurezza e l'integrità dei dati, è obbligatorio usare il

sistema con un gruppo statico di continuità (unità UPS), in quanto

un'eventuale interruzione dell'elettricità potrebbe provocare la perdita

o il danneggiamento dei dati.

Avvertenze generali sullo strumento

Non avvicinare le mani alle superfici calde.

Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser quando i lettori di

codice a barre sono esposti.

Non avvicinare le mani alle parti in movimento.

Non rimuovere mai il contatto centrale della spina del cavo di

alimentazione ed evitare di renderlo inutilizzabile mediante un

adattatore privo di collegamento di massa.

Raccomandazioni per lo smaltimento dei rifiuti

Per lo smaltimento degli apparecchi elettrici ed elettronici, servirsi di

un canale diverso da quello della normale raccolta dei rifiuti solidi

urbani. Il corretto smaltimento dei vecchi apparecchi previene

potenziali effetti negativi per l'ambiente e la salute umana.

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