3
0
0
Sistema cobas s 201 0
Manuale operativo da utilizzarsi
con grandi pool (pool di 24, 48 e 96) 0
P/N: 05214343050-01
0.2 02/2008, versione 1.0
Questo manuale fa riferimento alla Configurazione C o alla Configurazione C MR1 del sistema
cobas s
201.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.3
Indice generale
Prefazione
Indice generale ............................................................................... 0.3
Cronologia delle revisioni .............................................................0.4
Uso del manuale ............................................................................ 0.6
Convenzioni usate nel presente manuale ..................................... 0.7
Glossario ...................................................................................... 0.13
Precauzioni .................................................................................. 0.21
1. Algoritmi di pooling
Panoramica .................................................................................... 1.1
Seduta da piastra ............................................................................ 1.4
Seduta in batch .............................................................................. 1.5
Pooling 2D .....................................................................................1.6
Pooling di conferma ....................................................................1.14
Pooling di risoluzione .................................................................1.15
2. Pipettamento
Concetto di "batch" ....................................................................... 2.1
Controlli RMEC (Roche-Manufactured External Controls) ...... 2.2
Controlli UDEC (User-Defined External Controls) ................... 2.3
Piastre a pozzetti profondi ............................................................ 2.4
Pool primari ................................................................................... 2.5
Seduta in batch ripetuta ................................................................2.8
Pooling 2D .....................................................................................2.9
Pooling di conferma ....................................................................2.12
Pooling di risoluzione .................................................................2.15
3. Flusso di lavoro
Esecuzione del Pooling primario .................................................. 3.2
Estrazione, amplificazione e rivelazione dei campioni .............. 3.16
Revisione e rilascio dei campioni dei donatori .......................... 3.30
Pooling secondario ...................................................................... 3.32
Operazioni di fine giornata ......................................................... 3.36
4. Indice analitico
0.4 02/2008, versione 1.0
Cronologia delle revisioni
Versione del manuale Data di revisione
1.0 Febbraio 2008
Roche Molecular Systems, Inc.
Branchburg, NJ
USA
Distributed by
Roche Diagnostics
Indianapolis, IN 46256 USA
(For Technical Assistance call the
Roche Response Center
toll-free 1-800 526 1247)
Roche Diagnostics
H7V 4A2 Laval, Quebec
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877 273 3433)
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
CH-6343 Rotkreuz
Roche Diagnostics
F-38240 Meylan
Roche Diagnostics GmbH
D-68298 Mannheim, Germany
Distributore in Italia:
Roche Diagnostics SpA
Piazza Durante 11
I-20131 Milano
Roche Diagnostics S.L.
E-08006 Barcelona
Distribuidor em Portugal:
Roche Farmacêutica Química, Lda
P-2700 Amadora
Dichiarazione di conformità
Il sistema cobas s 201 è costituito dai seguenti componenti singoli, ciascuno dei quali è
conforme ai requisiti della Direttiva 98/79/CE del Parlamento Europeo e del Consiglio, datata
27 ottobre 1998, sui dispositivi medico-diagnostici in vitro. Il rispetto dei requisiti è assicurato
dalla seguente Dichiarazione di conformità per i singoli componenti:
l
Pooling and Data Management
(PDM)
Roche Molecular Systems, Inc.
Branchburg, NJ
USA
l
Pipettatore Hamilton Microlab
STAR IVD / STARlet IVD
Hamilton Company
Bonaduz
Switzerland
l
Strumento COBAS® AmpliPrep Roche Diagnostics Ltd.
CH-6343 Rotkreuz
Switzerland
l
Analizzatore COBAS® TaqMan® Roche Diagnostics Ltd.
CH-6343 Rotkreuz
Switzerland
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.5
Si prega di inoltrare quesiti o commenti in merito al presente manuale
all'indirizzo riportato sotto o al rappresentante locale della Roche.
Roche Molecular Systems, Inc.
4300 Hacienda Drive
Pleasanton, California 94588-2722
ROCHE, AMPERASE, AMPLILINK, COBAS, AMPLIPREP e TAQMAN sono
marchi di fabbrica Roche.
ROCHE RESPONSE CENTER è un marchio di servizio della Roche.
Microlab è un marchio registrato della Hamilton Company.
Microsoft, Windows e Windows XP sono marchi registrati o marchi di
fabbrica della Microsoft Corporation negli Stati Uniti e/o in altre nazioni.
Oracle è un marchio registrato della Oracle Corporation.
Software AMPLILINK
La versione in Codice sorgente dell'eseguibile (il "Software") è disponibile
alle condizioni stabilite dall'Interbase Public License versione 1.0. L'utente
può ottenere una copia della licenza all'indirizzo
http://interbase.com/IPL.html.
Il Software è offerto solo alle condizioni stabilite dall'Interbase Public
License versione 1.0.
Copyright © 2008, Roche Molecular Systems, Inc. Tutti i diritti riservati.
0.6 02/2008, versione 1.0
Uso del manuale
Prima della messa in funzione dello strumento cobas s 201, è fondamentale
leggere attentamente e assimilare le indicazioni di Avvertenza, Attenzione e
i Requisiti di sicurezza contenuti nel presente manuale.
Per una descrizione dei simboli di avvertenza e attenzione che compaiono
in questo manuale, consultare la sezione Simboli a pagina 0.8.
Prefazione (Prefazione): riassume le precauzioni da adottare per
effettuare in tutta sicurezza le operazioni di installazione,
messa in funzione e manutenzione del sistema.
Capitolo 1 (Algoritmi di pooling): descrive i metodi di pooling
primario e secondario e gli algoritmi dei test.
Capitolo 2 (Pipettamento): spiega il concetto di "batch" e le operazioni
di pipettamento.
Capitolo 3 (Flusso di lavoro): illustra le procedure di un flusso di
lavoro di routine.
Indice analitico
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.7
Convenzioni usate nel presente manuale
Convenzioni di testo Per presentare le informazioni in modo rapido e coerente, in questo
manuale sono state adottate alcune convenzioni riguardanti il testo.
Convenzione di testo Significato
Elenchi numerati Singoli passaggi di una procedura da eseguire
nell'ordine corretto durante un'operazione.
1. Visualizzare la scheda Donor Review.
2. Selezionare il filtro desiderato per lo
stato.
Testo in grassetto
Evidenzia il termine o il componente descritto.
La piastra di archiviazione consente di
conservare i campioni da analizzare in un
altro momento.
Corsivo Indica un altro capitolo di questo o di un
altro manuale a cui fare riferimento oppure
evidenzia il nome di una schermata.
Per una descrizione dei simboli di avvertenza,
consultare la sezione Simboli a pagina 0.8.
> Separa le opzioni in un comando a più livelli:
Selezionare File > Shut Down nella barra dei
menu.
0.8 02/2008, versione 1.0
Simboli
I simboli adottati nel presente manuale fungono da riferimento visivo
immediato e sono elencati di seguito:
Simbolo Significato
Nota. Segnala una nota contenente ulteriori
informazioni sull'argomento trattato o sulla
procedura descritta.
Importante. Segnala informazioni di rilievo,
da leggere con attenzione e assimilare.
Avvertenza. Indica una situazione potenzial-
mente pericolosa che, se non evitata,
potrebbe provocare gravi lesioni o la morte.
Attenzione. Indica una situazione potenzial-
mente pericolosa che, se non evitata,
potrebbe provocare lesioni alla persona e/o
danni al sistema.
Avvertenza parti amovibili. Indica una
situazione potenzialmente pericolosa. Non
avvicinare le mani alle parti in movimento.
Avvertenza superficie calda. Segnala la
presenza di una superficie calda. Non
avvicinare le mani alle superfici che scottano.
Avvertenza trasmettitore laser. Segnala la
presenza di un trasmettitore laser. Non
dirigere lo sguardo verso il trasmettitore
laser.
Avvertenza materiale biologico potenzial-
mente pericoloso. Indica una situazione
potenzialmente a rischio per la presenza di
materiale biologico pericoloso che potrebbe
provocare lesioni gravi e perfino la morte.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.9
Le apparecchiature elettriche ed elettroniche
contrassegnate con questo simbolo sono
regolamentate dalla Direttiva Europea sullo
smaltimento dei rifiuti elettrici ed elettronici
(Waste Electrical and Electronic Equipment
Directive, WEEE). Questo simbolo indica
che l'apparecchiatura non può essere
smaltita nel normale circuito di raccolta dei
rifiuti solidi urbani.
(WEEE) Direttiva 2002/96/CE del
Parlamento Europeo e del Consiglio, datata
27 gennaio 2003, sullo smaltimento dei
rifiuti elettrici ed elettronici
Simbolo Significato
0.10 02/2008, versione 1.0
I seguenti simboli sono visibili sulla targa esterna del sistema.
I simboli descritti di seguito sono visibili sul pipettatore Hamilton
Microlab STAR IVD / STARlet IVD.
Attenzione. Fare riferimento alla
documentazione allegata. Il simbolo del
triangolo sul retro di uno strumento è
un'esortazione generale rivolta agli utenti
affinché leggano le informazioni relative alla
sicurezza contenute in questo manuale. È
importante che gli utenti sappiano
riconoscere i diversi pericoli e sappiano
adottare le misure opportune.
Fabbricante del dispositivo.
Avvertenza trasmettitore laser. È situato sul
lettore di codice a barre per segnalare la
presenza di un trasmettitore laser. Non
dirigere lo sguardo verso il trasmettitore
laser.
Attenzione. È situato sulle palette protettive
per segnalare una situazione potenzialmente
pericolosa. Lasciare aperte le palette
protettive per evitare che si scontrino con la
piattaforma di caricamento.
Attenzione. È situato sul lato destro dello
sportello trasparente e sul braccio del
pipettatore per segnalare una situazione
potenzialmente pericolosa. Non avvicinare le
mani alle parti in movimento.
Avvertenza materiale biologico potenzial-
mente pericoloso. È situato sul lato sinistro
dello sportello anteriore e sul lato destro del
pipettatore per segnalare che i campioni dei
donatori e la sacca dei rifiuti potrebbero
contenere materiale biologico pericoloso.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.11
I simboli descritti di seguito sono visibili sullo strumento COBAS®
AmpliPrep.
Avvertenza trasmettitore laser. È situato sul
braccio robotizzato 1 per segnalare la
presenza di un trasmettitore laser. Non
dirigere lo sguardo verso il trasmettitore
laser.
IEC 825-1: 1993
Class 1 Laser Product
Appareil à laser de classe 1
1550 nm < 10 mW
Attenzione. È situato dietro il pannello di
caricamento per segnalare il tipo di laser
usato. Non dirigere lo sguardo verso il
trasmettitore laser.
Warning - Fire Hazard
For continued protection
replace only with same
type and rating of fuse.
Avvertenza. È situato sotto l'alimentatore.
Sostituire il vecchio fusibile solo con un
fusibile nuovo dello stesso tipo e categoria.
Avvertenza materiale biologico potenzial-
mente pericoloso. È situato dietro il pannello
di caricamento, sul lato sinistro dello
strumento, per indicare che le provette K, le
provette campione e le unità SPU possono
contenere materiale biologico pericoloso.
0.12 02/2008, versione 1.0
I simboli descritti di seguito sono visibili sull'analizzatore COBAS®
Taq Ma n® .
Avvertenza trasmettitore laser. È situato
sul lettore di codici a barre per segnalare la
presenza di un trasmettitore laser. Non
dirigere lo sguardo verso il trasmettitore
laser.
Avvertenza parti amovibili. È situato su
tutti i termociclatori per indicare una
situazione potenzialmente pericolosa.
Non avvicinare le mani alle parti in
movimento.
Avvertenza superficie calda. È situato su
tutti i termociclatori per segnalare la
presenza di una superficie calda. Non
avvicinare le mani alle superfici che
scottano.
Avvertenza pericolo biologico. È situato
dietro il pannello di caricamento e sul
pannello di servizio per indicare che le
provette K possono contenere materiale
biologico pericoloso.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.13
Glossario
La terminologia propria dello strumento cobas s 201 è in genere quella
tipica dei laboratori di analisi cliniche. Sono stati tuttavia adottati termini
specifici per indicare determinate operazioni e alcuni componenti. Di
seguito viene fornito un elenco dei termini che sono specifici dello
strumento e le definizioni corrispondenti.
AmpErase L'enzima AmpErase (uracil-N-glicosilasi) è
incorporato nella soluzione Master Mix in
quanto consente la distruzione selettiva dei
prodotti del carryover (contenenti
deossiuridina) dalle precedenti reazioni di
amplificazione.
Amplificazione Il processo di produzione di molte copie di
DNA a partire da una regione bersaglio di
DNA o RNA templato. L'amplificazione ha
luogo nell'analizzatore COBAS® TaqMan®,
dove i campioni estratti vengono riscaldati e
raffreddati nei termociclatori in base al
profilo della reazione polimerasica a catena
(PCR) previsto dal test selezionato.
Campione Termine generico riferito al campione
prelevato da un donatore, ai reagenti di
controllo o al campione di analisi (qualunque
campione in pool o un campione di un
singolo donatore che viene pipettato in una
provetta campione).
Campione del paziente Termine riferito al campione prelevato da un
donatore.
Controllo interno Una sequenza preimpostata di acidi nucleici
che viene estratta e amplificata contestualmente
al campione, allo scopo di monitorare il
recupero di quest'ultimo e gli inibitori
dell'amplificazione/rivelazione.
Denaturazione Il processo biochimico di separazione del
DNA a doppio filamento in filamenti singoli,
che avviene spezzando i legami di idrogeno
grazie a un aumento della temperatura.
0.14 02/2008, versione 1.0
DNA L'acido desossiribonucleico (in sigla, DNA) è
il materiale genetico che viene trasmesso dalla
cellula genitrice alle cellule figlie, propagando
le caratteristiche della specie sotto forma dei
geni che esso contiene e delle proteine che
codifica. Il DNA è costituito da quattro tipi di
nucleotidi: dATP, dCTP, dTTP e dGTP.
Estensione Il processo biologico di allungamento di una
catena di DNA che viene sintetizzata dalla
DNA polimerasi usando il filamento di DNA
padre come modello per la sintesi del
filamento figlio.
Estrazione Il processo di isolamento del DNA o dell'RNA
per la successiva analisi molecolare. I campioni
in pool sono sottoposti ad estrazione
nello
strumento COBAS® AmpliPrep.
File di definizione del test Un file che contiene tutti i passaggi necessari
per l'estrazione, l'amplificazione e la rivelazione
dei campioni. I file delle definizioni dei test
vengono forniti dalla Roche su un CD-ROM e
devono essere caricati nel software
AMPLILINK.
FR Frequenza radio.
K-carrier Un vassoio metallico riutilizzabile sul quale
possono essere collocate 24 provette K al
massimo. Le provette contengono i campioni
già pronti per la PCR, che saranno analizzati
nell'analizzatore COBAS® TaqMan®.
LIS Acronimo di Laboratory Information System
(sistema informatico del laboratorio). Un
sistema computerizzato per l'immissione, la
gestione e la refertazione dei dati del
laboratorio, costituiti, tra l'altro, dall'anagra-
fica dei donatori, dai dati dei test e
dall'inventario dei materiali di consumo.
MGP vedere Particelle di vetro magnetizzate.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.15
MPX Un insieme di bersagli multiplex che può
comprendere HCV, HIV-1 gruppo M, HIV-1
gruppo O, HIV-2 e HBV.
Particelle di vetro
magnetizzate
Minuscole particelle magnetiche sospese in
un liquido che, se usate insieme ad altri
reagenti e sottoposte a cariche positive sulla
superficie, formano legami con gli acidi
nucleici permettendo la separazione di questi
ultimi dagli altri componenti del campione,
grazie all'azione di un magnete durante il
lavaggio.
PCR Acronimo di Polymerase Chain Reaction
(reazione polimerasica a catena). Il processo
biochimico in vitro per l'amplificazione di
brevi e specifiche sequenze di acidi nucleici
bersaglio. La PCR richiede il ciclaggio della
temperatura della miscela di amplificazione
secondo un preciso profilo, che di solito
consiste in: 1) denaturazione, 2) riassociazione
ed 3) estensione.
PDM Acronimo di Pooling and Data Management
(gestione del pooling e dei dati).
Piastra di archiviazione Una piastra costituita da 12 x 8 pozzetti, dove
vengono conservate le aliquote dei campioni
dei donatori nel caso in cui l'analisi debba
essere ripetuta.
Piastra intermedia Una piastra costituita da 12 x 8 pozzetti
profondi, usata per creare i pool provvisori
durante la prima fase del pooling primario
per i grandi pool.
Pool di risoluzione Un pool costituito da un solo campione,
preparato o dalle provette donatori o da una
piastra di archiviazione, che permette di
analizzare nuovamente i campioni che hanno
generato risultati reattivi o non validi.
0.16 02/2008, versione 1.0
Pool primario Un pool preparato con aliquote identiche,
prelevate da un determinato numero di
provette donatori e unite in una provetta
campione. Dopo che viene aspirato dal
sistema, il campione non può più far parte di
un pool primario.
Pool ridotto Un pool ridotto è un pool primario che
contiene un numero di campioni inferiore ai
96, 48 o 24 previsti. In genere il pool ridotto è
dovuto a un errore di pipettamento che si è
verificato durante la creazione di un grande
pool primario.
Pooling 2D
Pooling bidimensionale. Un pooling secondario
eseguito su un grande pool primario reattivo
o non valido
per creare
una matrice di pool di
campioni donatori dove ogni campione viene
pipettato in un set unico costituito da due
pool distinti. In questo modo, se tutti e due i
pool sono reattivi è possibile attribuire i
risultati al campione di un determinato
donatore.
Pooling di conferma Un pooling secondario eseguito su un grande
pool primario reattivo o non valido, dove
vengono creati pool costituiti da campioni
singoli per confermare la reattività dei
donatori sospetti, mentre per i restanti
campioni vengono creati pool misti che
consentono di confermare la non reattività
al test.
Pooling secondario Un pool di follow-up creato per risolvere
risultati reattivi o non validi generati da un
test iniziale.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.17
Provetta campione (S-tube) Provetta monouso per campioni. Le
provette campione vuote, prive del tappo,
vengono inserite nei clip con codice a barre in
un rack SK24 e quindi caricate sul pipettatore
Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.
Al termine del pipettamento, le provette
campione contengono i pool di campioni. Le
provette campione vengono quindi rimosse
dal pipettatore Hamilton Microlab STAR
IVD / STARlet IVD, richiuse con il tappo e
caricate sullo strumento COBAS® AmpliPrep
per l'estrazione dei campioni. Le provette
campione sono fornite in sacchetti da 24.
Provetta donatore Una provetta di vetro o plastica contenente il
campione di un donatore.
Provetta K
Provetta cinetica. Una normale provetta
monouso usata per l'amplificazione del
campione preparato con la soluzione Master
Mix. Le provette K sono fornite preconfezionate
in un apposito rack dotato di coperchio.
Puntale K Puntale cinetico. Un puntale monouso che
serve per risospendere un campione
preparato e trasferirlo in una provetta K.
Rack per piastre Un rack riutilizzabile più volte sul quale è
possibile caricare cinque piastre al massimo
per il pipettatore
Hamilton Microlab
STAR
IVD / STARlet IVD.
Rack per provette
donatori
Un rack riutilizzabile più volte, sul quale
vengono caricate le provette dei donatori per
il pipettatore Hamilton Microlab STAR IVD /
STARlet IVD.
Rack per provette K Un rack monouso preconfezionato che
contiene 96 provette K.
Rack per puntali I puntali per pipette monouso privi di RNAsi
che vengono usati per pipettare i campioni e i
controlli nel dispositivo Hamilton Microlab
STAR IVD / STARlet IVD vengono forniti in
rack monouso preconfezionati. Ogni rack
contiene 96 puntali per pipette.
0.18 02/2008, versione 1.0
Rack per puntali K Un rack monouso preconfezionato che
contiene 36 puntali K.
Rack per SPU Un rack riutilizzabile più volte, sul quale
vengono caricate 24 unità SPU per lo
strumento COBAS® AmpliPrep.
Al termine dell'estrazione dei campioni, il
rack per SPU contiene le provette con i
campioni iniziali e le unità SPU usate. Le
unità SPU contengono i puntali K usati e
tutto il materiale biologico di scarto
potenzialmente pericoloso all'interno di una
camera che è sigillata dal puntale stesso.
Rack portaprovette Un rack riutilizzabile più volte sul quale
vengono caricati i rack SK24 del pipettatore
Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.
Rack portapuntali Un rack riutilizzabile più volte sul quale
vengono caricati e scaricati massimo cinque
rack per puntali destinati al pipettatore
Hamilton Microlab STAR IVD / STARlet IVD.
Rack SK24 Rack riutilizzabile che contiene le provette
campione o le provette K nei clip con il codice
a barre. Il rack SK24 carica e scarica i
campioni nelle fasi di pipettamento,
estrazione e amplificazione/rivelazione.
Riassociazione Il processo biochimico di ibridazione o
appaiamento di due segmenti di acidi nucleici
complementari, che avviene grazie a un
abbassamento della temperatura.
Rivelazione Una raccolta di misurazioni per determinare
la reattività di un campione all'analita
bersaglio. Le misurazioni della fluorescenza
sono eseguite secondo temperature e tempi
prestabiliti durante l'amplificazione. Al
termine della seduta, il software AMPLILINK
analizza i dati raccolti per confermare o meno
la presenza di prodotti amplificati dalle
sequenze degli acidi nucleici bersaglio e dei
controlli interni.
Prefazione
02/2008, versione 1.0 0.19
RMEC Acronimo di Roche-Manufactured External
Control, controllo esterno prodotto da
Roche. I controlli RMEC devono essere
inclusi in ogni batch.
Sistema Termine generico riferito all'insieme dei
componenti hardware e software e ai reagenti
usati per lo strumento cobas s 201.
SPU vedere Unità SPU.
Tempo di vitalità Il lasso di tempo che intercorre tra il
pipettamento iniziale e l'assegnazione dei
risultati finali.
Se un risultato non viene accettato entro il
tempo di vitalità limite, al campione viene
assegnato automaticamente lo stato
"Complete, Unresolved" a meno che lo stesso
campione non abbia prodotto un risultato
reattivo in un pool singolo (Pool primario
di 1 o Pool di risoluzione). In tal caso, al
campione verrà assegnato automaticamente
lo stato "Complete, Reactive".
Termociclatore Un modulo a temperatura programmabile
presente nell'analizzatore COBAS® TaqMan®.
Il termociclatore può cambiare rapidamente la
temperatura in base al profilo di amplificazione
definito nel file di definizione del test.
UDEC Acronimo di User-Defined External Control
(controllo esterno definito dall'utente). I
controlli UDEC possono essere inclusi in un
batch. I risultati dei controlli UDEC non sono
inclusi nell'analisi del batch.
Unità SPU Acronimo di Sample Processing Unit (unità
di estrazione del campione). Un dispositivo
monouso che contiene la miscela del
campione e del reagente durante l'estrazione
del campione. L'unità SPU è costituita da due
camere di incubazione, una camera di scarico
e una camera del puntale.
Serve una unità SPU per ogni campione da
estrarre.
0.20 02/2008, versione 1.0
Unità di misura
Di seguito vengono elencate le abbreviazioni usate per le unità di misura.
UPS Acronimo di Uninterruptable Power Supply
(gruppo statico di continuità).
WNV Acronimo di West Nile Virus (virus del Nilo
occidentale). Il virus WNV appartiene al
gruppo virale dell'encefalite giapponese, alla
famiglia dei Flaviviridae.
Kg Chilogrammo
ml Millilitri (10
-3
litri)
VVolt
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