02/2008, versione 1.0 1.1
Algoritmi di pooling1
Panoramica
È possibile configurare il sistema cobas s 201 per la creazione di grandi
pool. I pool di grandi dimensioni contengono aliquote identiche di n
campioni donatori.
n è 24, 48 o 96.
I grandi pool sono usati soltanto per i test MPX.
Pooling primario
Il pooling primario per i grandi pool è un processo a due fasi:
1 Plate Run - Pool n (MPX) (seduta da piastra): vengono creati dei pool
provvisori, ciascuno contenente le aliquote di 12 campioni donatori, nei
pozzetti della piastra intermedia. La configurazione predefinita del
sistema cobas s 201 prevede inoltre la predisposizione di una piastra di
archiviazione in cui dovrà essere salvata un'aliquota di ogni provetta
donatore, da usare per eventuali test secondari.
2 Batch Run - Pool n (MPX) (seduta in batch): vengono pipettati i controlli,
quindi dai pozzetti della piastra intermedia vengono aspirate aliquote di
identico volume da trasferire nelle provette per la creazione di pool
costituiti da 24 (due pozzetti), 48 (quattro pozzetti) o 96 (otto pozzetti)
campioni.
1.2 02/2008, versione 1.0
Pooling secondario
Sono necessari dei test di follow-up (secondari) se i risultati dei primi test
eseguiti sui pool primari sono non validi o reattivi. Sono disponibili le
seguenti opzioni di pooling secondario:
• Repeat Batch Run - Pool n (MPX) (seduta in batch ripetuta): la fase
2 della seduta di pooling primario viene ripetuta per analizzare
nuovamente i campioni donatori dei pool che hanno generato
risultati non validi.
• Two-dimensional (2D) Pooling (MPX) (pooling 2D): viene creata
una matrice di pool di donatori, dove ciascun campione viene
pipettato in un unico set costituito da due pool distinti. In questo
modo, se entrambi i pool sono reattivi, è possibile attribuire i
risultati al campione di un donatore specifico.
• Confirmation Pooling (MPX) (pooling di conferma): vengono
creati pool costituiti da singoli campioni donatori per confermarne
la sospetta reattività, mentre i campioni non sospetti vengono uniti
in pool misti (costituiti da quattro, sei, undici o dodici campioni)
per confermare la non reattività al test.
• Resolution Pooling (MPX) (pooling di risoluzione): vengono
preparati pool costituiti da singoli campioni, per analizzare
individualmente i campioni dei pool che hanno generato risultati
reattivi o non validi
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.3
Flusso di lavoro
Il flusso di lavoro per l'analisi dei campioni in grandi pool è illustrato
dettagliatamente nella Figura 1.1.
I percorsi illustrati nella Figura 1.1 sono determinati dal sistema. Il
responsabile del laboratorio ha la possibilità di cambiare i percorsi
previsti dal flusso di lavoro predefinito e usare, ad esempio, i pool
di risoluzione per analizzare nuovamente i pool che hanno
generato risultati reattivi o non validi (consultare la sezione
Modifica della richiesta di pooling nel Manuale di riferimento
hardware e software del sistema cobas s 201).
Figura 1.1
Flusso di lavoro per grandi pool
Errore
Non reattivo
Reattivo
OK
Risultato
Stato
pipettamento
No
Sì
Pool primari di
24, 48 o 96
(Seduta in
batch)
Seduta in
batch
ripetuta
Complete,
Non-Reactive
OK
Aspirato
Errore
Stato
pipettamento
Non valido
Pool primari di
24, 48 o 96
(Seduta da
piastra)
Pool ridotto
Pooling di
conferma
No
Non valido
Complete,
Non-Reactive
Non reattivo
Risultato
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reattivo
Dimensioni
pool
Uguale a 1
Sì
Esclusi donatori
con test esterno
positivo
Maggiore di 1
Pooling di
risoluzione
Non reattivo
Non valido
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reattivo
Risultato
Altro
Pooling 2D
Non reattivo
Batch non valido
Valutazione
matrice 2D
1.4 02/2008, versione 1.0
Seduta da piastra
La seduta da piastra costituisce la prima fase del processo di pooling
primario. I campioni pipettati correttamente in una piastra intermedia
durante la seduta da piastra verranno sottoposti a una seduta in batch, che
costituisce la seconda fase del processo di pooling primario.
Per i campioni interessati da errori di pipettamento viene programmato
un pool di risoluzione (Figura 1.19) se sono stati aspirati correttamente,
in caso contrario viene programmata un'altra seduta da piastra
(Figura 1.2).
Figura 1.2
Seduta da piastra
Pooling di
risoluzione
Pool primari di
24, 48 o 96
(Seduta da
piastra)
Pool primari di
24, 48 o 96
(Seduta in
batch)
No
Sì
Aspirato
Errore
OK
Stato
pipettamento
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.5
Seduta in batch
La seduta in batch costituisce la seconda fase del processo di pooling
primario. Nei campioni pipettati correttamente in un grande pool durante
la seduta in batch viene ricercato l'analita bersaglio (Figura 1.3).
• Il referto segnala tutti i campioni dei donatori come non reattivi se
il pool è non reattivo.
• Se il pool è reattivo e contiene tutti i 96, 48 o 24 campioni previsti,
viene programmato un pool 2D per i campioni dei donatori
contenuti nel pool (Figura 1.4).
• Se il pool è reattivo, ma contiene un numero di campioni inferiore
ai 96, 48 o 24 previsti (per un errore di pipettamento), viene
programmato un pool di conferma per i campioni dei donatori
contenuti nel pool ridotto (Figura 1.18).
• Se il risultato del test non è valido, viene programmata un'ulteriore
seduta in batch (seduta in batch ripetuta).
Per i campioni interessati da errori di pipettamento viene programmato
un pool di risoluzione.
Figura 1.3
Seduta in batch
Pooling di
risoluzione
Errore
Non reattivo
Reattivo
OK
Non valido
Risultato
Stato
pipettamento
Pool ridotto
No
Sì
Pool primari di
24, 48 o 96
(Seduta in
batch)
Pooling 2D
Seduta in
batch
ripetuta
Pooling di
conferma
Complete,
Non-Reactive
1.6 02/2008, versione 1.0
Pooling 2D
Il Pooling 2D viene programmato quando un test eseguito su un pool
primario o su un pool in batch ripetuto è risultato reattivo e il pool in
questione contiene il numero di campioni di donatori previsto (24, 48 o 96).
Il responsabile del laboratorio può anche decidere di usare il
pooling 2D per analizzare nuovamente un pool primario risultato
non valido, invece di ricorrere a una seduta in batch ripetuta.
Il pooling 2D crea una matrice di pool di donatori in cui ogni campione
del pool di origine viene pipettato in un set unico costituito da due pool
distinti. I risultati generati dai due pool vengono valutati per determinare
se il campione del donatore è non reattivo o se è necessario un pool di
risoluzione (Figura 1.4).
Il numero di pool presenti nella matrice 2D dipende dalle dimensioni del
pool primario di partenza:
Figura 1.4
Pooling 2D
Pooling 2D
Batch non valido
Valut azione
matrice 2D
Pooling di
risoluzione
Complete,
Non.Reactive
Non reattivo
Altro
Dimensioni pool
primario
Numero di pool 2D MxN
24 4 pool di 6 campioni
6 pool di 4 campioni
4x6
48 8 pool di 6 campioni
6 pool di 8 campioni
8x6
96 Due batch, ciascuno
contenente:
8 pool di 6 campioni
6 pool di 8 campioni
8x6
(due matrici)
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.7
Valutazione della matrice 2D
La valutazione della matrice di pooling 2D MxN si basa sull'esame dei
risultati orizzontali del pool, P
H
(M), sull'esame dei risultati verticali del
pool, P
V
(
N
), e sull'interpretazione dei risultati dei donatori all'intersezione,
(R
h,
R
v
).
I diagrammi nelle pagine che seguono rappresentano diversi casi di
matrici di pooling 2D. I cerchi (all'esterno della matrice) contengono i
risultati del test eseguito sul pool (provetta campione). I quadrati
(all'interno della matrice) sono i risultati del donatore, interpretati sulla
base dei risultati del test per i due pool nei quali il campione del donatore
è stato analizzato.
In tutti gli esempi viene utilizzata una matrice 6x4.
Figura 1.5
Rappresentazione della valutazione del pooling 2D
Risultato orizzontale
Risultato verticale
L'intersezione rappresenta un singolo campione donatore
1.8 02/2008, versione 1.0
Esempio n. 1
Tutti i pool 2D sono risultati non reattivi (-). Tutte le intersezioni (-,-)
vengono interpretate come non reattive. Tutti i campioni vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.6).
Esempio n. 2
Un pool 2D orizzontale e un pool 2D verticale sono risultati reattivi (+).
Tutti gli altri pool 2D sono risultati non reattivi (-). Il campione
all'intersezione dei pool reattivi (+,+) verrà sottoposto ad un Pooling di
risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti [(-,-), (+,-), (-,+)] vengono
interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.7).
Figura 1.6
Esempio n. 1 di matrice 2D
Figura 1.7
Esempio n. 2 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.9
Esempio n. 3
Un pool 2D orizzontale e un pool 2D verticale sono risultati non validi (I).
Tutti gli altri pool 2D sono risultati non reattivi (-). Il campione
all'intersezione dei pool non validi (I,I) verrà sottoposto ad un Pooling di
risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti [(-,-), (I,-), (-,I)] vengono
interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.8).
Esempio n. 4
Un pool 2D orizzontale è risultato reattivo (+) e un pool 2D verticale è
risultato non valido (I) (o viceversa). Tutti gli altri pool 2D sono risultati
non reattivi (-). Il campione all'intersezione tra il pool reattivo e il pool
non valido [(+,I) or (I,+)]) verrà sottoposto ad un Pooling di risoluzione.
Tutte le intersezioni rimanenti [(-,-), (+,-), (-,+), (-,I), (I,-)] vengono
interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.9).
Figura 1.8
Esempio n. 3 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
Figura 1.9
Esempio n. 4 di matrice 2D
Eseguire
pooling di risoluzione
1.10 02/2008, versione 1.0
Esempio n. 5
Un pool 2D orizzontale e due pool 2D verticali (o viceversa) sono risultati
reattivi (+). Tutti gli altri pool 2D sono risultati non reattivi (-). I
campioni alle intersezioni (+,+) verranno sottoposti ad un Pooling di
risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti [(-,-), (+,-), (-,+)] vengono
interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.10).
Esempio n. 6
Un pool 2D orizzontale e un pool 2D verticale sono risultati reattivi (+).
Un pool 2D (in una delle due direzioni) è risultato non valido (I). Tutti gli
altri pool 2D sono risultati non reattivi (-). I campioni alle intersezioni
[(+,+), (+,I), (I,+)] verranno sottoposti ad un
Pooling di risoluzione
.
Tutte le intersezioni rimanenti [(-,-), (+,-), (-+),
(-,I), (I,-)] vengono
interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti vengono
refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.11).
Figura 1.10
Esempio n. 5 di matrice 2D
Eseguire
pooling di risoluzione
Figura 1.11
Esempio n. 6 di matrice 2D
Eseguire
pooling di risoluzione
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.11
Esempio n. 7
Due pool 2D verticali sono risultati reattivi (+) e un pool 2D orizzontale è
risultato non valido (I) (o viceversa). Tutti gli altri pool 2D sono risultati
non reattivi (-). I campioni alle intersezioni [(I,+), (+,I)] verranno
sottoposti ad un Pooling di risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti
[(-,-), (-,+), (+,-), (-,I), (I,-)] vengono interpretate come non reattive e i
campioni corrispondenti vengono refertati come Complete, Non-Reactive
(Figura 1.12).
Esempio n. 8
Tutti i pool 2D sono risultati non validi (I) o sono stati rifiutati
dall'utente. L'intera griglia non è valida. Tutti i campioni dei donatori
verranno sottoposti ad un Pooling 2D ripetuto (Figura 1.13).
È possibile eseguire un pooling 2D ripetuto soltanto se tutti i pool
2D hanno generato risultati non validi.
Figura 1.12
Esempio n. 7 di matrice 2D
Eseguire
pooling di risoluzione
Figura 1.13
Esempio n. 8 di matrice 2D
1.12 02/2008, versione 1.0
Esempio n. 9
Un pool 2D orizzontale è risultato reattivo (+). Non c'è un test reattivo
corrispondente per un pool 2D verticale. Tutti gli altri pool 2D sono
risultati non reattivi (-).
I campioni alle intersezioni (+,-) verranno
sottoposti ad un Pooling di risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti
(-,-) vengono interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti
vengono refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.14).
Esempio n. 10
Un pool 2D verticale è risultato reattivo (+). Non c'è un test reattivo
corrispondente per un pool 2D orizzontale. Tutti gli altri pool 2D sono
risultati non reattivi (-). I campioni alle intersezioni (-,+) verranno
sottoposti ad un Pooling di risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti
(-,-) vengono interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti
vengono refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.15).
Figura 1.14
Esempio n. 9 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
Figura 1.15
Esempio n. 10 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.13
Esempio n. 11
Un pool 2D orizzontale è risultato non valido (I). Non c'è un test non
valido corrispondente per un pool 2D verticale. Tutti gli altri pool 2D
sono risultati non reattivi (-). I campioni alle intersezioni (I,-) verranno
sottoposti ad un Pooling di risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti
(-,-) vengono interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti
vengono refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.16).
Esempio n. 12
Un pool 2D verticale è risultato non valido (I). Non c'è un test non valido
corrispondente per un pool 2D orizzontale. Tutti gli altri pool 2D sono
risultati non reattivi (-). I campioni alle intersezioni (-,I) verranno
sottoposti ad un Pooling di risoluzione. Tutte le intersezioni rimanenti
(-,-) vengono interpretate come non reattive e i campioni corrispondenti
vengono refertati come Complete, Non-Reactive (Figura 1.17).
Figura 1.16
Esempio n. 11 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
Figura 1.17
Esempio n. 12 di matrice 2D
Eseguire pooling di risoluzione
1.14 02/2008, versione 1.0
Pooling di conferma
Il Pooling di conferma viene programmato al posto del Pooling 2D
quando il pool primario contiene un numero di campioni inferiore al
previsto per un errore di pipettamento.
Il responsabile del laboratorio può anche decidere di usare un pool
di conferma al posto di un pool 2D, tuttavia una volta avviato il
pool 2D è necessario che l'algoritmo di pooling 2D venga completato.
Il pool di conferma consente di analizzare i campioni uno per uno (ad
esempio per confermare risultati positivi ai test sierologici). I campioni
dei donatori che sono potenzialmente reattivi vengono identificati prima
dell'avvio del pool di conferma (consultare la sezione Scheda Exclude
Donors nel Manuale di riferimento hardware e software del sistema
cobas s 201). Questi campioni vengono pipettati in pool costituiti da
campioni singoli, mentre i campioni non sospetti vengono pipettati in
piccoli pool. Tutti i pool vengono analizzati per determinare la presenza
dell'analita ricercato (Figura 1.18).
• Il referto segnala il campione del donatore come non reattivo se un
pool con campione singolo è non reattivo.
• Il referto segnala tutti i campioni dei donatori come non reattivi se
un pool misto è non reattivo.
• Il referto segnala il campione del donatore come reattivo se un pool
con campione singolo è reattivo.
• Viene programmato un Pool di risoluzione per tutti i campioni dei
donatori contenuti nel pool (Figura 1.19) se il pool con campioni
misti è reattivo.
• Il pool di conferma può essere ripetuto se il risultato del test non è
valido.
Figura 1.18
Pooling di conferma
Pooling di
risoluzione
Pooling di
conferma
Complete,
Non-Reactive
Non reattivo
Risultato
Complete,
Reactive
Reattivo
Dimensioni
pool
Uguale a 1
Esclusi donatori
con test esterno
positivo
Maggiore di 1
Non valido
Algoritmi di pooling
02/2008, versione 1.0 1.15
Pooling di risoluzione
Il Pooling di risoluzione viene programmato quando si verificano errori
di pipettamento durante una seduta di pooling primario o quando si
devono analizzare i campioni di un pool di conferma o di un pool 2D che
è risultato reattivo. Ogni pool di risoluzione contiene un'aliquota di un
singolo campione del donatore.
Il responsabile del laboratorio può anche decidere di usare il pool
di risoluzione per risolvere risultati non validi o reattivi.
I pool di risoluzione vengono analizzati per determinare la presenza
dell'analita o degli analiti ricercati (Figura 1.19).
• Il campione del donatore viene refertato come non reattivo se il
pool di risoluzione è non reattivo.
• Il campione del donatore viene refertato come reattivo se il pool di
risoluzione è reattivo.
• È obbligatorio includere il campione del donatore in un ulteriore
pool di risoluzione se il precedente ha generato un risultato non
valido.
Figura 1.19
Pooling di risoluzione
Pooling di
risoluzione
Non reattivo
Non valido
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reattivo
Risultato
1.16 02/2008, versione 1.0
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