02/2008, versione 1.0 1.1
Flusso di lavoro 1
Panoramica
Nella Figura 1.1 è illustrato il flusso di lavoro modificato per il trattamento di
pool di campioni su uno strumento COBAS
®
AmpliPrep collegato a un
analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
mediante la Docking Station.
Quando si utilizza una Docking Station, le procedure del flusso di
lavoro descritte in questo supplemento sostituiscono le procedure
del flusso di lavoro Estrazione, amplificazione e rivelazione descritte
nel Manuale Operativo del sistema cobas s 201.
Lo strumento COBAS
®
AmpliPrep e l'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
devono essere collegati alla stessa stazione dati che esegue
il software AMPLILINK.
Figura 1.1
Flusso di lavoro di estrazione, amplificazione e rivelazione quando si usa la Docking Station
Software AMPLILINK Strumento
COBAS
®
AmpliPrep
Analizzatore
COBAS
®
Ta qM a n
®
1 Eseguire le procedure di avvio.
4 Creare gli ordini.
2 Caricare i reagenti.
5 Caricare i rack SK24.
7 La seduta prosegue automaticamente. I campioni trattai vengono
trasferiti automaticamente dalla Docking Station sull'analizzatore
COBAS
®
TaqMan
®
.
6 Avviare la seduta.
8 Rimuovere i materiali di consumo utilizzati.
9 Esaminare i messaggi generati
durante la seduta.
10 Accettare i risultati.
3 Caricare i materiali di consumo
(unità SPU, provette K, puntali K).
1.2 02/2008, versione 1.0
Procedure di avvio
La stazione dati che esegue il software AMPLILINK è normalmente
sempre accesa, fatta eccezione per un riavvio giornaliero. Se la
stazione dati è spenta, consultare il Manuale Operativo del sistema
cobas s 201 per informazioni sulle procedure di avvio.
Strumento COBAS
®
AmpliPrep
Quando si utilizza la Docking Station, deve essere presente un
K-carrier in ciascuna delle due posizioni di parcheggio per
K-carrier dello strumento COBAS
®
AmpliPrep. Vedere pagina 2.5
per la procedura di caricamento dei K-carrier in queste posizioni.
Lo strumento COBAS
®
AmpliPrep rimane in genere in modalità
Standby. Se la stazione dati è spenta, consultare il Manuale
Operativo del sistema cobas s 201 per informazioni sulle procedure
di avvio.
1 Verificare lo stato del serbatoio contenente i reagenti di lavaggio e
sostituirlo se necessario.
L'icona del serbatoio nella scheda System della finestra Systems
diventa rossa quando il serbatoio è vuoto.
2 Se necessario, svuotare il contenitore dei materiali di scarto.
L'icona dei rifiuti nella scheda System della finestra Systems diventa
rossa quando il livello dei materiali di scarto è troppo elevato.
3 Eseguire tutti gli interventi di manutenzione riportati nella scheda Service
Due della finestra Systems.
Quando un intervento sta per scadere, lo sfondo dell'icona Systems
diventa giallo e sull'icona appare l'immagine di una lattina d'olio.
Eseguire l'intervento di servizio richiesto prima di iniziare la seduta
successiva.
Dopo ogni intervento di servizio, viene eseguito un priming
automatico del sistema.
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.3
Analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
Quando si usa la Docking Station, devono essere presenti quattro
K-carrier vuoti nelle posizioni dalla 9 alla 12 dell'area di
ricaricamento dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
. Vedere
pagina 2.6 per la procedura di caricamento dei K-carrier in queste
posizioni.
In genere l'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
viene lasciato in
modalità Standby. Se l'analizzatore è spento, consultare il Manuale
Operativo del sistema cobas s 201 per informazioni sulle procedure
di avvio.
1 Collocare 24 provette K vuote chiuse con il tappo su un K-carrier, quindi
sistemare il K-carrier nella posizione di parcheggio 2, sul lato sinistro
dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
(pagina 2.6).
È necessario scollegare l'alimentazione dell'analizzatore prima di
eseguire questa operazione.
Se un batch contiene meno di sei provette K, l'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
utilizza le provette K vuote per occupare le posizioni 7, 8,
12, 13, 17 e 18 nel K-carrier. È importante che queste posizioni
siano occupate, altrimenti il K-carrier non sarà adeguatamente
bilanciato nel termociclatore.
2 Eseguire tutti gli interventi di manutenzione riportati nella scheda Service
Due della finestra Systems prima di iniziare la seduta successiva.
Quando un intervento sta per scadere, lo sfondo dell'icona Systems
diventa giallo e sull'icona appare l'immagine di una lattina d'olio.
Eseguire l'intervento di servizio richiesto prima di iniziare la seduta
successiva.
1.4 02/2008, versione 1.0
Caricamento dei reagenti
I reagenti da usare variano in funzione dello stato della cassetta e del
carico di lavoro giornaliero.
I reagenti devono essere estratti dal frigorifero prima dell'uso e
caricati immediatamente sullo strumento COBAS
®
AmpliPrep,
onde evitare la formazione di condensa sulle etichette con il codice
a barre. Lasciare equilibrare i reagenti per almeno trenta minuti
sullo strumento prima di elaborare il primo campione.
Non mescolare reagenti appartenenti a lotti diversi o provenienti da
flaconi diversi del medesimo lotto.
Non mescolare reagenti (cassette incluse) appartenenti a kit diversi.
Non utilizzare più di un numero di lotto di reagenti per una seduta
di estrazione sullo strumento COBAS
®
AmpliPrep. È necessario
utilizzare un solo lotto di reagenti per preparare tutti i campioni e i
controlli di uno stesso batch.
Non aprire le cassette dello strumento COBAS
®
AmpliPrep e non
scambiare, mescolare, rimuovere o aggiungere flaconi.
Non utilizzare un kit oltre la data di scadenza indicata.
Non utilizzare un kit su più di uno strumento COBAS
®
AmpliPrep.
Non congelare i reagenti.
Non tentare mai di estrarre un rack quando il LED corrispondente
è rosso.
1 Prendere le cassette con particelle di vetro magnetizzate (magnetic glass
particle, MGP) necessarie.
Poiché il rack è sottoposto ad agitazione, non è possibile ricaricare
le cassette MGP durante la seduta. Quando non vi sono altri test
per la cassetta MGP caricata, il rack contenente la cassetta viene
sbloccato e può accogliere una nuova cassetta.
2 Collocare le cassette MGP su un unico rack per reagenti.
3 Prendere le altre cassette necessarie.
4 Collocare queste cassette su altri rack per reagenti (massimo quattro).
Le altre cassette per reagenti che servono a completare gli ordini
nell'elenco di lavoro possono essere caricate su altri rack per
reagenti, fino a un massimo di quattro. Questi rack possono
occupare le posizioni riservate ai rack per reagenti (dalla B alla E),
che non sono sottoposte ad agitazione.
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.5
Per completare una seduta potrebbero servire più cassette di un
particolare reagente. Quando la prima cassetta si esaurisce, il sistema
passa automaticamente a prelevare il reagente dalla cassetta successiva.
5 Aprire il pannello di caricamento.
6 Spingere il rack per reagenti sul quale sono caricate le cassette MGP nella
posizione A. Spingere il rack fino al primo perno.
7 Attendere che il LED del rack per reagenti diventi verde e inizi a
lampeggiare, quindi continuare a spingere il rack verso il retro dello
strumento. Il LED diventa arancione.
8 Caricare gli altri rack per reagenti nelle posizioni del rack comprese tra la B e
la E. Al termine del caricamento di un kit completo di cassette di reagenti, i
LED di tutti i rack per reagenti diventano verdi e non lampeggiano.
Quando si carica un rack, lo strumento COBAS
®
AmpliPrep legge i codici a
barre sull'etichetta del rack per reagenti e sulle etichette delle cassette di
reagenti.
Il software AMPLILINK aggiorna la scheda Cassettes/Samples della
finestra Systems con le informazioni rilevate.
I reagenti sono forniti in una confezione contenente otto cassette.
Le cassette di reagente della stessa confezione devono essere
caricate insieme. Se manca una cassetta, le altre cassette del test
vengono bloccate.
9 Chiudere il pannello di caricamento.
AVVERTENZA
La testina 1 del braccio robotizzato contiene un diodo laser di classe 1.
Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.
Figura 1.2
Piattaforma rack
Rack con agitatore
Rack per reagenti
Rack SK24
(A)
(B-E)
(F-H)
1.6 02/2008, versione 1.0
Caricamento dei materiali di consumo
Determinare i requisiti di caricamento. Per ogni test sono necessari
un'unità SPU, una provetta K e un puntale K.
Unità SPU
1
Prendere il numero di unità SPU necessarie (è possibile caricare fino a tre
rack SPU completi).
2 Estrarre le unità SPU dalle confezioni. Ispezionare le unità SPU per
individuare eventuali difetti.
3 Inserire le unità SPU nel rack.
Assicurarsi che i puntali siano sempre perfettamente inseriti.
Premere verso il basso il bordo antispruzzo dell'unità SPU (non i
puntali per campioni), in modo da bloccare l'unità SPU nel rack.
Assicurarsi che i puntali per campioni si trovino alla stessa altezza.
4 Aprire il pannello di caricamento.
5 Allineare l'estremità del rack SPU davanti a una delle posizioni di
caricamento SPU. Spingere il rack SPU verso il retro dello strumento, nelle
posizioni di caricamento J, K o L. Se il rack viene inserito correttamente, il
LED corrispondente diventa verde.
Quando il rack SPU viene caricato sullo strumento, assicurarsi che
i singoli pozzetti del rack siano sulla destra, che il lato sinistro del
rack SPU sia sotto il bordo e che tutte le unità SPU siano
perfettamente alloggiate.
Figura 1.3
Caricamento delle unità SPU nel rack
Alloggiamenti doppi
Alloggiamenti singoli
Puntale per campioni
Bordo antispruzzo
AVVERTENZA
La testina 1 del braccio robotizzato contiene un diodo laser di classe 1.
Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.7
Lo strumento COBAS
®
AmpliPrep conta le unità SPU, mentre nella
scheda System della finestra Systems lo stato delle unità viene
aggiornato man mano che i rack vengono caricati sul sistema.
6 Chiudere il pannello di caricamento.
Provette K
1
Aprire il pannello di caricamento.
2 Caricare un rack pieno di provette K sulla piattaforma di uscita dello
strumento COBAS
®
AmpliPrep in una delle posizioni disponibili: M, N, O o P.
È possibile caricare fino a due rack contenenti provette K o puntali K.
Prima di montare il rack sullo strumento, assicurarsi che sia pieno.
Il sistema non controlla le singole posizioni del rack e considera il
rack completo quando viene caricato. Non spostare i rack
semivuoti in un'altra posizione.
Nelle schede System e Samples della finestra Systems, lo stato dei
rack viene aggiornato a mano a mano che questi vengono caricati
sullo strumento.
3 Chiudere il pannello di caricamento.
AVVERTENZA
La testina 1 del braccio robotizzato contiene un diodo laser di classe 1.
Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.
1.8 02/2008, versione 1.0
Puntali K
1 Aprire il pannello di caricamento.
2 Caricare i rack pieni di provette K sulla piattaforma di uscita dello strumento
COBAS
®
AmpliPrep in una delle posizioni disponibili: M, N, O o P.
È possibile caricare fino a due rack contenenti provette K o puntali K.
Prima di montare il rack sullo strumento, assicurarsi che sia pieno.
Il sistema non controlla le singole posizioni del rack e considera il
rack completo quando viene caricato. Non spostare i rack
semivuoti in un'altra posizione.
Nelle schede System e Samples della finestra Systems, lo stato dei
rack viene aggiornato a mano a mano che questi vengono caricati
sullo strumento.
3 Chiudere il pannello di caricamento.
AVVERTENZA
La testina 1 del braccio robotizzato contiene un diodo laser di classe 1.
Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.9
Creazione degli ordini
1 Nel software AMPLILINK visualizzare la scheda Sample-Rack della
finestra Orders.
2 Fare clic su New.
3 Posizionare il cursore nel campo Sample Rack ID e leggere l'ID del codice
a barre dei rack SK24 del pool.
È anche possibile immettere manualmente (digitare) l'ID del codice
a barre. Se l'ID del codice a barre del rack SK24 viene immesso
manualmente, verificare visivamente di avere digitato l'ID corretto.
4 Posizionare il cursore nel campo Batch ID ed eseguire la lettura del codice
a barre dell'ID stampato sul referto Pooling Batch Report per il rack SK24
selezionato.
È anche possibile immettere manualmente (digitare) l'ID del batch.
Se l'ID del batch viene immesso manualmente, assicurarsi di avere
selezionato il batch corretto e di avere digitato l'ID corretto.
5 Selezionare Tools > Auto Order nella barra dei menu. Vengono creati
ventiquattro ordini, a partire dal primo numero ordine disponibile.
È possibile creare un ordine anche usando un profilo ordine
salvato.
6 Se vengono elaborate meno di 24 provette per campioni, eliminare gli
ordini inutilizzati.
Verificare che gli ordini vengano creati soltanto per le posizioni
delle provette campione che sono effettivamente occupate sul rack
SK24.
7 Fare clic sul pulsante del test desiderato.
8 Fare clic su Save.
9 Caricare il rack SK24 sullo strumento COBAS
®
AmpliPrep. Gli ID sui clip
con il codice a barre vengono letti e visualizzati.
10 Ripetere i passaggi da 2 a 9 per creare gli ordini per ciascun batch (ogni
rack SK24) nella seduta di pooling.
Consultare il capitolo Software AMPLILINK del Manuale Operativo
del sistema cobas s 201 per altre opzioni riguardanti la creazione
degli ordini.
1.10 02/2008, versione 1.0
Caricamento dei rack SK24
1 Aprire il pannello di caricamento.
2 Inserire un rack SK24 contenente i pool di campioni in una delle tre
posizioni del rack per campioni: F, G o H. Spingere il rack fino al perno.
È possibile caricare contemporaneamente fino a tre rack SK24 sullo
strumento COBAS
®
AmpliPrep.
3 Attendere che il LED dei campioni diventi verde e lampeggiante.
4 Continuare a spingere il rack verso il retro dello strumento (Figura 1.4).
Se il rack è posizionato correttamente, il LED dei campioni diventa
verde e non lampeggia e l'immagine del rack compare nelle schede
Cassettes/Samples e Samples della finestra Systems.
Se vengono caricati più rack, verrà caricato per ultimo il rack
contenente meno campioni. Tuttavia, se il secondo o il terzo rack
contengono meno di dodici campioni, è possibile che il tempo di
elaborazione totale si allunghi.
Se si caricano tre rack SK24, il LED dei campioni per il terzo rack
diventa di colore verde ma la preparazione dei campioni sul terzo
rack viene temporaneamente bloccata. La preparazione non
riprende finché l'elaborazione del primo rack non si conclude, i
campioni nelle provette K non sono caricati in un termociclatore
dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
e un K-carrier vuoto non viene
riportato dalla Docking Station nella posizione di parcheggio dello
strumento COBAS
®
AmpliPrep.
5 Chiudere il pannello di caricamento.
AVVERTENZA
La testina 1 del braccio robotizzato contiene un diodo laser di classe 1.
Non dirigere lo sguardo verso il trasmettitore laser.
Figura 1.4
Caricamento di un rack SK24
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.11
Avvio della seduta
1 Esaminare la barra degli indicatori dello strumento COBAS
®
AmpliPrep.
Controllare che tutti i LED segnalino che la seduta può essere avviata.
Il LED diventa verde e non lampeggia quando il rack è caricato in
modo corretto ed è pronto per l'uso. Se vengono caricati tre rack
SK24, il LED dei campioni per il terzo rack resta verde finché i
campioni elaborati del primo rack SK24 non vengono caricati su
un termociclatore dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
e un
K-carrier vuoto non viene riportato dalla Docking Station nella
posizione di parcheggio dello strumento COBAS
®
AmpliPrep.
2 Fare clic sul pulsante Systems per visualizzare la finestra Systems.
3 Se non è già selezionato, scegliere lo strumento COBAS
®
AmpliPrep nella
casella di selezione dello strumento.
4 Selezionare la scheda System.
5 Esaminare lo stato dello strumento.
I riquadri Temperature e Supplies devono indicare che lo stato è OK.
Il riquadro Missing & Blocked deve essere vuoto, a meno che i tre
rack SK24 non siano caricati.
Se si caricano tre rack SK24, la preparazione del terzo rack viene
temporaneamente bloccata finché l'elaborazione del primo rack
non si conclude, i campioni nelle provette K non sono caricati in
un termociclatore dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
e un
K-carrier vuoto non viene riportato dalla Docking Station nella
posizione di parcheggio dello strumento COBAS
®
AmpliPrep.
6 Selezionare la scheda Cassettes/Samples.
7 Esaminare lo stato dei campioni.
Le icone dei campioni per il primo e il secondo rack SK24 devono
essere di colore bianco nella scheda Cassettes/Samples. In caso
contrario, estrarre il rack e reinserirlo.
Se si utilizza un terzo rack SK24, le icone dei campioni per il terzo
rack SK24 nella scheda Cassettes/Samples rimangono di colore
giallo (campioni bloccati) finché i campioni elaborati del primo
rack SK24 non vengono caricati su un termociclatore
dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
e un K-carrier vuoto non viene
riportato dalla Docking Station nella posizione di parcheggio dello
strumento COBAS
®
AmpliPrep.
8 Selezionare la scheda System.
9 Fare clic su Start per avviare il trattamento dei campioni.
1.12 02/2008, versione 1.0
Viene eseguita la verifica del caricamento. Se la verifica ha esito positivo,
l'estrazione dei campioni ha inizio.
Correzione dei problemi di caricamento
Se la verifica del caricamento ha esito negativo, gli errori vengono elencati
nel riquadro Missing & Blocked della scheda System relativa allo strumento
COBAS
®
AmpliPrep.
Se si utilizza un terzo rack SK24, i campioni contenuti nel terzo
rack SK24 verranno elencati nel riquadro Missing & Blocked della
scheda Cassettes/Samples finché i campioni elaborati del primo
rack SK24 non vengono caricati su un termociclatore
dell'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
e un K-carrier vuoto non viene
riportato dalla Docking Station nella posizione di parcheggio dello
strumento COBAS
®
AmpliPrep.
1 Risolvere i problemi di caricamento.
2 Fare clic su Start per avviare il trattamento dei campioni.
AVVERTENZA
Non aprire mai la Docking Station durante il corso di una seduta.
L'inosservanza di tale procedura può comportare il rischio di lesioni
all'operatore.
AVVERTENZA
Non mettere mai in funzione lo strumento COBAS
®
AmpliPrep mentre
il coperchio principale è aperto. Tenere le mani lontano dalle parti in
movimento quando lo strumento è in uso.
Flusso di lavoro
02/2008, versione 1.0 1.13
Estrazione dei campioni
Lo strumento COBAS
®
AmpliPrep elabora i campioni sulla base del
protocollo di estrazione del test. Al termine della preparazione, i campioni
vengono automaticamente trasferiti dalla Docking Station
sull'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
, dove hanno luogo l'amplificazione e
la rivelazione.
Durante l'amplificazione e la rivelazione sull'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
, la temperatura del segmento del termociclatore viene
sottoposta al ciclo impostato nel profilo PCR contenuto nel file di
definizione del test. Il fluorimetro legge le provette K durante ogni ciclo di
amplificazione.
Non spegnere lo strumento durante una seduta.
AVVERTENZA
Non tentare mai di utilizzare l'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
con
ilcoperchio aperto. Tenere le mani lontano dalle parti in movimento
quando l'analizzatore è in uso.
1.14 02/2008, versione 1.0
Rimozione dei materiali di consumo utilizzati
Fare riferimento al Manuale Operativo del sistema cobas s 201 per le
procedure di rimozione dei materiali di consumo dallo strumento al
termine della seduta.
Controllo dei messaggi generati durante la
seduta
1 Fare clic sul pulsante Messages.
2 Controllare se la scheda New Messages contiene qualche messaggio di
errore.
3 Fare clic sul pulsante Systems.
4 Esaminare la scheda Samples. I campioni estratti con successo sono
rappresentati in verde.
Validazione dei risultati
Non appena l'analizzatore COBAS
®
TaqMan
®
completa un test, i risultati
vengono visualizzati nella finestra Results.
1 Nel software AMPLILINK fare clic sul pulsante Results.
2 Selezionare la scheda Review per visualizzare i risultati.
Rimuovere il rack SK24 dallo strumento COBAS
®
AmpliPrep
prima di accettare i risultati dei campioni nel batch corrispondente.
3 Evidenziare i risultati da convalidare e fare clic su Accept.
I dati visualizzati nella finestra Results del software AMPLILINK
sono informazioni intermedie provenienti dall'analizzatore
COBAS
®
TaqMan
®
. Il software Roche PDM importa queste
informazioni e determina l'esito finale dei risultati dei donatori.
Non è possibile assumere decisioni sullo stato di un donatore sulla
base delle sole informazioni visualizzate nella finestra Results del
software AMPLILINK.
Poiché il software Roche PDM determina l'esito finale dei risultati
del donatore, tutti i risultati visualizzati nella finestra Results del
software AMPLILINK devono essere validati per poter essere
trasmessi automaticamente al server PDM senza l'intervento
dell'operatore.
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13
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14
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